Introduction 

C’est au début du 20ème siècle qu’Elie Metchnikoff rend populaire l’idée que les produits laitiers fermentés sont bons pour notre santé.  Il attribue ainsi la longévité exceptionnelle des paysans bulgares à leur consommation de produits laitiers fermentés.  Ses recherches permettent en effet de mettre en évidence dans le lait fermenté bulgare, la présence de deux probiotiques, le lactobacilles bulgaris et le streptococcus thermophilus.  Ce sont ces 2 espèces de probiotiques qui sont utilisées pour faire le yaourt.  Mais ces deux souches, malheureusement, sont peu résistantes à l’acidité gastrique et à l’effet antimicrobien des sels biliaires.  

Depuis quelques décennies, la science c’est de nouveau intéressé aux probiotiques, d’autant plus que nos connaissances sur le microbiote se sont améliorées. Ainsi, ces 20 dernières années, les études sur les probiotiques ont explosé démontrant des effets positifs sur de nombreuses pathologies non seulement digestives mais également extra digestives comme la dysplasie du col, la mastite, le diabète, l’obésité, la dépression et l’anxiété, l’immunité, les allergies alimentaires, le reflux ou l’endométriose.  Avant d’aborder l’utilité des probiotiques, il est important de clarifier certains concepts sur ce sujet  

Les qualités nécessaires d’un probiotique  

Les probiotiques sont des agents microbiens encore vivant qui sont censés améliorer la santé de la personne qui les ingère. Les probiotiques dans le commerce sont souvent des préparations de bactéries vivantes ou lyophilisées, le plus souvent il s’agit d’une combinaison de lactobacilles et de bifidobactéries.   Ces préparations peuvent être sous forme de pilules, en poudre ou incorporées dans des yaourts ou des boissons. Certains yaourts sont considérés comme médicinaux car on a intégré des probiotiques aux effets thérapeutiques, à ne pas confondre avec ceux des supermarchés. 

L’efficacité d’un probiotique nécessite au moins 4 propriétés, premièrement le probiotique doit garder une stabilité et résister à l’acidité gastrique et aux effets antimicrobiens des sels bilaires. Deuxièmement, le probiotique doit avoir la capacité d’adhérer aux cellules intestinales, sinon il n’aura aucun effet sur notre immunité, troisièmement, il doit avoir la capacité de coloniser temporairement l’intestin pour pouvoir agir sur notre microbiote et quatrièmement, ces effets doivent être démontrés et validés par des études cliniques. 

Pourquoi c’est la souche qui est importante 

Après 25 ans de recherche sur les probiotiques, il a été démontré que les effets d’un probiotique dépendant surtout du type de souche. Pour comprendre cela, nous avons besoin de comprendre un minimum la nomenclature utilisée pour classifier les probiotiques.  Prenons l’exemple du Lactobacillus acidophilus La5, la famille des lactobacilles est appelée genre, dans cette famille nous avons le lactobacillus acidophilus qui est considéré comme une espèce et l’appellation La5 indique la souche précise du lactobacillus acidophilus.  

Il est important de comprendre que des souches différentes de la même espèce peuvent avoir une stabilité, une résistance à l’acidité gastrique, une capacité de colonisation et le plus important UNE EFFICACITE CLINIQUE DIFFERENTE. Cela explique l’inefficacité de nombreuses préparations de probiotiques, en effet dans un but purement commercial, les fabricants essayent de faire croire qu’une souche de probiotiques équivaut à une autre. Souvent même, de nombreuses préparations indiquent uniquement les espèces de probiotiques sans indiquer la souche, ce qui reste suspect. 

La conséquence de cela est que pour évaluer la qualité d’un probiotique, on a besoin de connaitre non seulement l’espèce mais surtout la souche précise. Faisons une métaphore animalière en prenant le chien comme un exemple d’une espèce. Si on veut que le chien gère un troupeau de chèvre, il est préférable d’utiliser un berger australien qu’un chiwawa, il s’agit dans ce cas de deux souches différentes de la même espèce mais dont l’utilité et l’effet recherché est différent. Par conséquent, le plus important dans la prescription d’un probiotique est de choisir la bonne souche avec la bonne indication liée à cette souche et finalement le mode de prescription reste secondaire.  

De plus, l’effet thérapeutique d’une souche peut être très différent d’une autre souche et son utilisation va dépendre de ce que l’on recherche comme effet. Prenons l’exemple de l’espèce Lactobacillus plantarum, vous pourriez avoir une souche qui est capable de survivre à l’acidité de l’estomac, aux sels biliaires mais arrivé dans le colon elle n’a pas d’effet. Si l’on prend la souche lactobacillus plantarum 299v, les études ont démontré un mécanisme d’adhésion à la muqueuse du colon qui ressemble aux mécanismes de certains pathogènes comme l’E.coli ou le Giardia. C’est la caractéristique de cette souche particulière qui permet donc de prévenir une gastro-entérite à l’E.coli.  

Il faut comprendre et mémoriser que l’action et la qualité thérapeutique d’un probiotique dépend de sa souche. Le grand problème dans cela, c’est qu’il est difficile pour la majorité des gens de savoir si les souches de probiotiques qu’ils ingèrent sont efficaces ou non, d’autant plus que de nombreux produits n’indiquent même pas la souche. Certaines entreprises qui commercialisent les probiotiques jouent sur cette confusion, ils vont alléguer par exemple que la recherche a montré l’efficacité thérapeutique du Lactobacillus rhamnosus en omettant de préciser que c’était la souche GG qui avait un effet thérapeutique et ainsi ils peuvent ajouter une autre souche de Lactobacillus rhamnosus inefficace. Voilà comme gaspillez son argent sans le savoir. 

Les effets protecteurs des probiotiques sur notre intestin 

Les études ont montré que les probiotiques, ou plus exactement certaines souches de probiotiques, possèdent de nombreuses actions favorables sur notre intestin telles que : 

• Une réduction de l’activité des microorganismes pathogènes 

En effet, le probiotique à la capacité d’entrer en compétition avec une bactérie pathogène ou une levure au niveau de l’intestin. Habituellement, les bactéries amies protègent la muqueuse intestinale, et ne laissent pas d’espace pour les bactéries pathogènes.  Cependant, après certains évènements néfastes pour notre intestin tels qu’une antibiothérapie, l’écosystème se trouve appauvri. La place est alors libérée pour que des organismes pathogènes puissent accéder et adhérer à la paroi de l’intestin. Les probiotiques vont avoir la capacité d’inhiber les effets des toxines bactériennes et produire des substances antimicrobiennes. 

• Une protection de la muqueuse et de la paroi de notre intestin 

Les probiotiques peuvent produire des composés bénéfiques pour l’intestin comme les acides gras à chaine courte. Le plus connu de ces acides gras à chaine courte, c’est le butyrate. Le butyrate est utilisé par les cellules du colon comme source d’énergie. Il aide à protéger notre intestin. Il a également une activité anti-inflammatoire et anti-cancer. Certains probiotiques peuvent renforcer la barrière intestinale en augmentant la production de mucine dans l’intestin 

• Une amélioration de notre transit et une réduction des douleurs abdominales 

Les probiotiques peuvent modifier le transit intestinal. Par exemple on a démontré que certaines souches de bifidobactéries ont la capacité d’accélérer le transit intestinal. De plus, certains probiotiques ont la capacité de diminuer l’hypersensibilité viscérale qui est une des composantes principales du colon irritable. Cela peut être expliqué par la possibilité de certains probiotiques de stimuler des récepteurs anti-douleurs cannabinoides et opioides des cellules intestinales. 

• Un soutien de notre immunité intestinale 

Les probiotiques peuvent induire une meilleure tolérance orale par exemple à des protéines alimentaires. Ils peuvent aussi modifier des allergènes pour les rendre moins allergisant. Certains probiotiques augmentent même la production d’IgA, qui sont des anticorps clé pour protéger l’intestin. 

Utilité controversée des probiotiques dans le SIBO 

Si certains probiotiques ont de multiples effets protecteurs sur notre intestin, leur rôle dans le SIBO est relativement controversé. En effet, dans le SIBO on a un excès de bactéries dans l’intestin grêle et certains spécialistes vous diront que rajouter des bactéries alors qu’il y a déjà trop de bactéries dans l’intestin grêle n’est pas une bonne chose.  

Toutefois cela est de plus en plus remis en question car des études récentes montrent que les probiotiques favorisent des actions métaboliques utiles pour traiter un SIBO. Ainsi certaines souches de probiotiques peuvent améliorer la motilité de l’intestin grêle en stimulant le complexe moteur migrant, d’autres souches ont un effet réparateur sur le leaky gut, d’autres souches encore ont une action antibactérienne qui peut aider à l’éradication du SIBO. D’autre part diverses souches de probiotiques peuvent augmenter la sécrétion d’IgA qui sont des immunoglobulines protégeant la muqueuse digestive, essentielles pour combattre les bactéries pathogènes.  Dès lors, vous avez compris que le but de l’administration de probiotiques n’est pas de rajouter des bactéries vivantes dans l’intestin mais d’utiliser des souches spécifiques de probiotiques pour leur effet protecteur de l’intestin. 

Une étude de 2010 a comparé dans un groupe de patients souffrant de SIBO un complexe de probiotiques par rapport à un autre groupe traité par un antibiotique classique (métronidazole). Les résultats ont montré une amélioration symptomatique chez 82 % des gens souffrant de SIBO alors que seulement 52% des patients étaient améliorés dans le groupe antibiotique (1). Une autre étude médicale a montré que la prise d’un drink laitier appelé Yakult enrichi avec du Lactobacillus Casei de la souche Shirota a montré une amélioration chez 64% des patients souffrant d’un SIBO avec hydrogène (2).   

Maintenant, il est temps de mieux connaitre les espèces de probiotiques les plus utilisées. Je vais également détailler quelques souches spécifiques de probiotiques reconnues scientifiquement dans les troubles digestifs. Il ne s’agit pas d’une liste exhaustive mais de souches reconnues cliniquement pour leurs efficacités. 

Connaitre les bonnes souches de probiotiques dans les troubles digestifs 

La plupart des préparations de probiotiques sont des mélanges de souches de lactobacilles et de bifidobactéries. Nous allons voir ici les espèces les plus fréquentes de ces deux genres. Rappelez- vous toutefois que les propriétés d’un probiotique dépend principalement de la souche. Je préciserais quelques souches validées dans les études pour leurs effets sur les troubles digestifs. 

Passons en revue les différents probiotics utilises dans les préparations commerciales

Les lactobacillus les plus connus   

• Lactobacillus acidophilus 

Comme beaucoup de probiotiques, cette espèce aurait des effets positifs sur l’immunité et les troubles digestifs. La souche Lactobacillus acidophilus NCFM (exemple de marque : Ultraflora de chez Bionutrics) a démontré une efficacité sur l’hypersensibilité viscérale en agissant sur les récepteurs de la douleur de la muqueuse intestinale (3). La souche Lactobacillus acidophilus LA5 a également montré dans des études une capacité à protéger l’intestin contre certains pathogènes comme l’Escherichia coli (4) mais également améliore divers marqueurs inflammatoires dans les maladies métaboliques (5). 

• Lactobacillus brevis 

Certaines souches ont la capacité d’apaiser la muqueuse intestinale et également de soutenir la flore orale. 

• Lactobacillus bulgaricus 

Le lactobacillus bulgaricus aide à combattre les germes pathogènes en créant des substances antibiotiques naturelles. 

• Lactobacillus casei 

Le lactobacillus casei soutient la digestion, le système immunitaire et l’intestin. Le lactobacillus Casei de la souche Shirota, que l’on retrouve dans certains drinks laitiers appelés Yakult, a montré une capacité à améliorer les symptômes du colon irritable et d’aider à traiter le SIBO (2). Cette souche a également démontré une capacité à améliorer le métabolisme et d’aider à perdre du poids (6,7). 

• Lactobacillus gasseri 

Certaines souches de cette espèce ont montré une capacité à soutenir les processus de digestion, à normaliser la glycémie et à encourager la perte de poids (8,9).  

• Lactobacillus plantarum 

Le lactobacillus plantarum produit de la L. lysine, un acide aminé qui aide à l’absorption du calcium, à la production d’hormones et au soutien du système immunitaire. La souche lactobacillus plantarum 299v a démontré dans les études son utilité dans le colon irritable autant pour soulager les douleurs abdominales que pour améliorer la motilité intestinale (10). Cette souche a également démontré dans de nombreuses études sa capacité à améliorer l’absorption du fer chez les personnes carencées en fer. (11,12).  (exemple de marque : Jarrows 299v).   

• Lactobacillus paracasei 

Le lactobacillus paracasei peut aider lors d’état de fatigue, protéger les dents des caries. Certaines souches réduisent les inflammations intestinales (L. paracasei JS1 ou k5 etc.) 

• Lactobacillus rhamnosus 

Le lactobacillus rhamnosus est très connu pour soutenir l’immunité et combattre les germes pathogènes intestinaux. La souche lactobacillus rhamnosus GG (exemple de marque : Culturelle digestive health) a montré une bonne efficacité dans le colon irritable et dans l’hypersensibilité viscérale, mais également dans la prévention du SIBO (13). Cette souche a également démontré une efficacité dans l’éradication du candida albicans (14). Ce probiotique a également la capacité d’améliorer la tolérance orale à la protéine du lait chez des enfants souffrant d’allergie au lait (15). Cette souche pourrait également aider les personnes tolérant mal le gluten en protégeant des atteintes du gluten sur la muqueuse intestinale et sur les jonctions serrées (cela ayant été démontré uniquement sur un modèle animal) (16). 

• Lactobacillus salivarius 

Cette espèce aide à combattre les pathogènes de la flore buccale et de l’intestin grêle (17). 

• Lactobacillus Reuteri  

La souche Lactobacillus Reuteri DSM 1738 (exemple de marque : Biogaia protectis)  a été validée dans de nombreuses études pour ces capacités à améliorer certains troubles digestifs surtout dans les colites et diarrhées du nourrisson. De plus cette souche est également particulièrement efficace dans les SIBO avec méthane ou dans les constipations liées à une augmentation du méthane (18).  Des études récentes montrent également son intérêt lors de la prise d’IPP (inhibiteur de la pompe à protons) dans la prévention du SIBO. En effet une étude de 2018 randomisée a montré chez des enfants prenant des IPP que seulement 6% des enfants prenant des IPP développaient une dysbiose avec SIBO à 3 mois alors que dans le groupe placébo, 56,2% des enfants développaient une dysbiose (19). Ce constat montre l’importance de prescrire ce probiotique chez tous les enfants sous IPP. Cette souche a également montré une aide dans la prise en charge de l’hélicobacter pylori  et en association avec une antibiothérapie, cette souche réduit les effets secondaires et augmente l’efficacité du traitement (20). 

 Les Bifidobactérium les plus connus   

• Bifidobactérium breve 

Le bifidobactérium brevis soutient une bonne santé de notre colon, spécialement chez les enfants  pouvant agir autant sur les coliques du nourrisson, les allergies ou  les troubles neurologiques (21). 

• Bifidobactérium infantis 

Le bifidobacterium infantis serait utile dans la prise en charge du colon irritable, dans la constipation et stimulerait la motilité intestinale, la souche la plus connue étant le bifidobacterium infantis 35624 (marque : Align) (22).   

• Le bifidobactérium bifidum  

Le bifidobactérium bifidum est une des espèces les plus connues comme probiotique, indispensable à une bonne santé de l’intestin et du système immunitaire. 

• Bifidobactérium lactis 

Le bifidobacterium lactis  HN019 (exemple de marque :NOW clinical GI probiotic) est une souche particulièrement intéressante car elle a démontré une capacité à stimuler le complexe moteur migrant, ce qui en fait un prokinétique dans la prévention du SIBO et un traitement possible de la constipation (23). D’autre part, cette souche a montré une capacité d’améliorer également le syndrome métabolique et de diminuer l’inflammation systémique dans le corps 

• Bifidobactérium longum 

Certaines souches de cette espèce ont montré un intérêt durant les périodes de stress ou lors de la prise d’antibiotiques afin de protéger le microbiote. Ainsi la souche W11 a démontré d’être un probiotique résistant aux antibiotiques. 

Une levure amicale 

• Saccharomyces boulardii  

Le Saccharomyces boulardii est une espèce de levure amicale qui fonctionne comme un probiotique et protège la flore intestinale. Il est particulièrement connu pour sa capacité à réduire les diarrhées. Le Saccharomyces cerevisae boulardii est également reconnu dans la prise en charge du leaky gut (24), il aide à réparer les microvillosités abimées et augmente l’activité des enzymes digestifs. Il a également un impact favorable contre certains protozoaires comme le Giardia lamblia ou le blastocystis hominis. 

Le Saccharomyces cerevisae boulardii de souche CNCM I-745 (marque Entérol ou Florastor) a montré une efficacité particulièrement importante   Une étude a utilisé cette souche chez des enfants présentant un SIBO.  La prise de ce probiotique a permis une diminution de l’hydrogène au test respiratoire, une diminution des symptômes digestifs ainsi qu’une éradication de microbes pathogène comme le klebsiella. 

Quelques suggestions d’utilisation de souches probiotiques selon les symptômes digestifs.  

Il s’agit dans ce cas, d’utiliser des souches souvent uniques validées dans des études médicales pour leurs effets sur les troubles digestifs. 

 Lors de douleurs abdominales 

• Lactobacillus Rhamnosus GG (ex : Culturelle digestive health) 

• Lactobacillus Reuteri DSM 17938 (ex : Biogaia protectis) 
• Lactobacillus Plantarum 299V (ex: Jarrows 299v) 

Troubles de la motilité (CMM), constipation (dans le SIBO) 

• Lactobacillus Rhamnosus GG (ex : Culturelle digestive health) 
• Bifidobacterium lactis HN019 (NOW clinical GI probiotic) 
• Lactobacillus Plantarum 299V (ex: Jarrows 299v) 
• Lactobacillus Reuteri DSM 17938 (ex : Biogaia protectis) 

Leaky gut 

• Saccharomyces boulardii (ex. Florastor ou Enterol) 
• Lactobacillus rhamnosus GG (ex : Culturelle digestive health) 

Reflux gastro-oesophagien 

• Lactobacillus Reuteri DSM 17938 (ex : Biogaia protectis) 

SIBO avec méthane 

• Lactobacillus Reuteri DSM 17938 (ex : Biogaia protectis) 

Candidose (combinaison possible) 

• Saccharomyces cerevisae boulardii souche codex (ex. Florastor) 
• Lactobacillus rhamnosus GG (ex : Culturelle digestive health) 

• Lactobacillus Reuteri DSM 17938 (ex : Biogaia protectis) 

En conclusion 

Si les probiotiques ont montré des effets importants sur la santé de notre intestin et de notre santé. L’effet des probiotiques semblent déterminé par la souche et non pas par l’espèce. Les fabricants de probiotiques nous ont plongé dans une confusion totale et probablement une grande majorité des probiotiques sur le marché sont composés de souches dont l’efficacité n’a pas été étudiée et probablement sont peu utiles pour notre santé.  

Toutefois, il est difficile d’être un expert en probiotique et filtrer le vrai du faux. Les probiotiques proposés dans cet article sont des souches reconnues pour leur efficacité dans de nombreuses publications scientifiques. Si je m’amuse à évaluer les souches contenues dans divers probiotiques connus en France ou en Suisse (par exemple chez Pileje), je ne retrouve pas d’études validant la plupart des souches utilisées, malgré cela, régulièrement des personnes affirment que ces produits améliorent leurs symptômes.   

Pour ceux qui ont le temps et la passion, ils ont la possibilité d’aller sur le site www.probioticadvisor.com et de s’inscrire afin de pouvoir bénéficier des banques de données évaluant l’intérêt de chaque souche de probiotique et de connaitre les souches les plus efficaces selon les problèmes de santé à traiter. 

Quoiqu’il en soit, je rappelle que la santé de notre microbiote ne dépend pas des probiotiques mais principalement de notre alimentation et particulièrement de la richesse de notre consommation en fibres prébiotiques et en polyphénols. D’autres facteurs comme le stress, le sommeil, l’activité physique, la toxicité de notre environnement jouent un rôle également important sur la santé de notre microbiote. Les probiotiques ne sont qu’une aide ciblée et momentanée dans une prise en charge plus holistique de notre santé. 

Dr Antonello D’oro 

Références 

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2. Barret JS “Probiotic effects on intestinal fermentation patterns in patients with irritable bowel syndrome” World J Gastroenterol. 2008 Aug 28;14(32):5020-4 
3. Ringel_Kulka T. “Lactobacillus acidophilus NCFM affects colonic mucosal opioid receptor expression in patients with functional abdominal pain – a randomised clinical study” Aliment Pharmacol Ther. 2014 Jul;40(2):200-7. 
4. Zeinhom M. “Yogurt containing bioactive molecules produced by Lactobacillus acidophilus La-5 exerts a protective effect against enterohemorrhagic Escherichia coli in mice” J Food Prot. 2012 Oct;75(10):1796-805 
5. Zarrati M” Lactobacillus acidophilus La5, Bifidobacterium BB12, and Lactobacillus casei DN001 modulate gene expression of subset specific transcription factors and cytokines in peripheral blood mononuclear cells of obese and overweight people” Biofactors. 2013 Nov-Dec;39(6):633-43. doi: 10.1002 
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