L’analyse du microbiote, un atout pour restaurer son écosystème intestinal

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Introduction

Voici tout juste une année, j’ai publié sur ce blog un article sur l’analyse du microbiote (par séquençage ADN). J’estimais, à l’époque, que nous étions au début de l’exploration du microbiote et que bien que ces analyses soient intéressantes, l’intérêt de ces examens dans la prise en charge du microbiote restait encore discutable. Maintenant, nous avons un peu plus de recul et le but de cet article est de montrer que ces analyses nous amènent des informations de plus en plus utiles pour la prise en charge de notre microbiote. Nous allons voir quels sont les éléments vraiment importants que nous pouvons extraire de ces analyses et surtout quelles sont les stratégies thérapeutiques qui en découlent et qui vont permettre une restauration plus ciblée du microbiote.

Généralités sur le microbiote

Pour rappel, notre microbiote comprend environ 100 000 milliards de bactéries réparties entre plus de 1 000 espèces différentes, pesant dans notre intestin entre 1 à 2 kg. Ces bactéries vivent à l’unisson avec nous et selon l’équilibre de l’écosystème intestinal, elles nous aident à promouvoir la santé ou dans certains cas à initier la maladie. Ces dernières décennies, nous avons découvert de plus en plus de relation entre nos bactéries intestinales et notre état de santé physique et mental. Voici une liste non exhaustive de ce que fait le microbiote pour notre santé :

  • Il a la capacité de moduler notre système immunitaire, par exemple en régulant notre immunité non spécifique (1), ainsi, il nous protège contre le développement des allergies.
  • Il améliore notre status nutritionnel en permettant une meilleure absorption des minéraux (calcium, magnésium, zinc, etc.), en fabriquant des vitamines (vitamines du groupe B et vitamine K) et en améliorant la récupération énergétique des aliments.
  • Il nous protège contre les mauvais germes (résistance à la colonisation).
  • Il produit des acides gras volatils tels que le butyrate aux multiples effets sur notre santé.
  • Il joue un rôle sur notre métabolisme, par exemple sur la gestion du poids, le contrôle de la glycémie et la sensibilité à l’insuline (2,3).
  • Il a un impact sur le niveau d’inflammation de notre corps, soit en le baissant soit en l’augmentant, selon nos bactéries intestinales.
  • Il influence notre humeur (dépression, anxiété) (4,5).
  • Il joue un rôle important dans de nombreuses maladies gastro-intestinales (maladie coeliaque, la maladie de Crohn, la diverticulose, le SIBO, la colite ulcéreuse ou le côlon irritable, etc.).
  • Il est impliqué dans de nombreuses maladies non intestinales telles que la maladie d’Alzheimer, la dépression, l’asthme, l’autisme, la fatigue chronique, l’eczéma, l’endométriose, le syndrome métabolique, l’obésité, le diabète de type 1 et 2, les maladies auto-immunes comme la polyarthrite rhumatoïde, etc.

Comment diagnostiquer un déséquilibre du microbiote, appelé dysbiose

L’histoire de la personne

Certains éléments de l’histoire d’une personne vont nous aiguiller vers la possibilité d’un déséquilibre du microbiote, nommé dysbiose. Les choses peuvent commencer dès la naissance ou la petite enfance. En effet, nous savons qu’une personne née par césarienne ou/et qui n’a pas été allaitée ne peut ensemencer correctement son microbiote et va présenter un microbiote déséquilibré. La prise d’antibiotiques dans les premières années de vie est également très néfaste pour la maturation du microbiote. Par la suite, certains facteurs de vie tels qu’un stress important ou une mauvaise alimentation vont jouer un rôle négatif sur l’équilibre de l’écosystème intestinal. Sur le plan diététique, il peut s’agir d’une alimentation type junk food riche en produits raffinés (pain, pâtes, pizza), mais également certaines diètes pauvres en végétaux et en fibres peuvent impacter négativement le microbiote (diète pauvre en FODMAP, diète cétogène, diète hyperprotéinée, etc.). Certains médicaments peuvent perturber fortement la flore intestinale, tels que les antibiotiques ou la prise prolongée d’anti-inflammatoires non stéroïdiens ou la prise d’inhibiteurs de la pompe à proton (IPP).

L’analyse du microbiote par séquençage de l’ADN bactérien

Pendant longtemps, il fallait se contenter des cultures pour évaluer la composition des bactéries intestinales. Beaucoup de microbes connus sont faciles à cultiver tels que l’Escherichia coli, les entérocoques, les bactéroïdes, les streptocoques, des lactobacillus, des bifidobactéries, etc. La technique s’est améliorée grâce aux cultures anaérobies. Toutefois, cette technique nécessite une croissance sur des milieux spécifiques, prend du temps et les cultures ne sont pas représentatives de la croissance réelle du microbe dans son environnement. De plus, le problème avec les cultures, c’est leur incapacité à cultiver l’ensemble des bactéries de l’écosystème.

Les approches moléculaires avec séquençage de l’ADN vont révolutionner nos connaissances du microbiote. Ces approches vont nous offrir un tableau beaucoup plus complet des membres peuplant l’écosystème intestinal et permettent également d’évaluer l’impact des diètes ou des traitements sur le microbiote. En contrepartie, ces techniques sont encore à perfectionner, et il faudra encore beaucoup de recherche pour interpréter de mieux en mieux ces analyses.

Analyse du microbiote, les informations qui sont utiles

Les analyses de selles, basées sur le séquençage de l’ADN bactérien, semblent aujourd’hui les analyses les plus proches de la réalité de notre microbiote. Actuellement sur le marché, il existe plusieurs laboratoires qui proposent ce type d’analyse dont la plupart sont américains. On peut évoquer entre autres les sociétés Ubiome, American gut, Vibrant Wellness, Genova, etc. En Angleterre, il existe le laboratoire Diagnostics Solutions qui commercialise le GI-MAP et toujours en Europe, le laboratoire belge LIMS-MBNEXT propose également une analyse du microbiote. La plupart des laboratoires vont proposer une analyse par séquençage génétique de votre microbiote en classifiant les bactéries par phylum, genre et espèce. La plupart des laboratoires vont également associer une recherche de bactéries pathogènes (shigelles, salmonelles, campylobacter, clostridium difficile, etc.) de levures ou de parasites (giardia, candida, entamoeba, etc.). Mais que faire de toutes ces informations, lesquelles sont pertinentes et permettent d’agir et d’offrir des stratégies pour améliorer la santé du microbiote. C’est tout cela que nous allons voir à présent. Pour commencer, selon les recherches actuelles et les spécialistes dans le domaine du microbiote, il faut savoir quelles sont les informations importantes à extraire de ces bilans et pourquoi.

A.    La biodiversité du microbiote

B.     Avoir une appréciation des grandes familles de bactéries appelées phylum

C.     Connaître ces bactéries amies

D.    Évaluer la production de butyrate, marqueur de la santé du microbiote

E.     Rechercher les pathobiontes (bactéries à potentiel pathogènes)

F.     Évaluer la présence de bactéries produisant des gaz mauvais pour la santé

A. La biodiversité de son microbiote

La vie en général est caractérisée par la biodiversité. Dans l’intestin, c’est la même chose. Plus on a de colonies de bactéries différentes, plus l’écosystème est sain (6). De multiples études ont montré qu’un manque de biodiversité du microbiote est associé à de multiples problèmes de santé, tels qu’une augmentation des risques d’allergies, l’obésité, des dyslipidémies, une inflammation systémique, etc. (7). Les facteurs qui impactent négativement notre biodiversité sont multiples et relativement bien connus. Il s’agit entre autres :

  • d’une naissance par césarienne,
  • d’un manque d’allaitement
  • la prise fréquente d’AB dans la petite enfance
  • d’une alimentation pauvre en aliments riches en fibres et prébiotiques, ce qui représente le modèle classique d’une alimentation occidentale (steak/frites)
  • d’une prise récente d’antibiotiques ou une prise fréquente
  • la consommation chronique de certains médicaments (AINS, IPP)
  • des diètes restrictives prolongées (FODMAP, diète cétogène, etc.)

Lors d’une analyse du microbiote, les laboratoires utilisent un index évaluant la biodiversité du microbiote. En comparant les banques de données des donneurs, les laboratoires peuvent offrir une appréciation sur la biodiversité bactérienne du microbiote. Cela donne un indice à la personne sur sa biodiversité par rapport à une population donnée. Si cet index, en soi-même, n’est pas encore scientifiquement reconnu comme un index santé, il donne une idée à une personne de sa biodiversité et peut être considéré comme un point de départ avant une prise en charge alimentaire.

B. Avoir une appréciation des grandes familles de bactéries appelées phylum

Le microbiote intestinal est composé dans une très large majorité par des bactéries anaérobes. Plus de 95 % du microbiote est représenté par 5 grandes familles qu’on appelle phylum. Ces phyla sont composés par des groupes de bactéries appelés genre, par exemple les lactobacillus, le lactobacillus acidophilus, par exemple, sera considéré comme une espèce.

Voici les 5 grandes familles composant notre microbiote  dont la majorité des bactéries proviennent des deux premières familles.

1.     Les Firmicutes

Il s’agit de bactéries gram-abondantes dans le colon avec une grande diversité. On retrouve la majorité des espèces cultivées par les laboratoires, dont par exemple le lactobacillus.

2.     Les Bacteroidetes

Les bactéries de cette famille sont des gram -, anaérobe, souvent abondantes comme les bactéroïdes, etc.

3.     Les Actinobacteria

Ce genre inclus des bactéries gram + comme les bifidobacteries.

4.     Les Proteobactéria

On retrouve dans ce groupe beaucoup de pathogènes, dont campylobacter, klebsiella, desulfovibrio, bilophila, enterobacter, E. coli, etc.

5.      Les Verrucomicrobia

Ce groupe inclut des bactéries comme l’Akkermansia qui semblent spécialisées dans la dégradation du mucus

Le ratio Firmicutes/Bacteroidetes ne semble pas aussi pertinent que prévu

Cette dernière décennie, plusieurs études semblent avoir montré que le rapport entre les deux phyla principaux donnait des informations pertinentes sur l’état du microbiote.

Des études initiales avaient montré que les obèses avaient une diminution du taux de Bacteroidetes et proportionnellement plus de Firmicutes par rapport aux personnes minces (8). Des études récentes ont toutefois rejeté ces constats (9). En effet, diverses études, dans un premier temps, avaient retenu ce rapport comme pertinent pour certaines maladies métaboliques, mais finalement d’autres études n’ont pas confirmé cet intérêt.

Pourquoi est-il intéressant de connaître le pourcentage des Proteobactéria et des Bacteroidetes, la réponse vient des lipopolysaccharides (LPS)

Pour comprendre l’intérêt de ces deux familles, il faut se pencher sur une endotoxine responsable de nombreux problèmes de santé, les lipopolysaccharides (LPS). Les LPS sont une structure de la portion externe membranaire des bactéries gram-, elles représentent jusqu’à 80 % de la masse de la paroi des cellules gram-. Quand la bactérie meurt, les LPS sont envoyés dans le colon. Comme beaucoup de bactéries meurent dans l’intestin, on trouve de grandes quantités de LPS dans la lumière intestinale, surtout provenant des familles Proteobacteria et Bacteroidetes.

Chez un individu sain avec une bonne intégrité de sa barrière intestinale et un écosystème équilibré (alimentation riche en végétaux et fibres), très peu de LPS peuvent traverser la barrière intestinale et se retrouver dans le sang. A contrario, divers agents altérant la perméabilité intestinale (AINS, alcool) ou causant une dysbiose (alimentation junk food) peuvent augmenter le niveau de LPS dans le sang (10). L’augmentation des LPS dans le sang, via l’activation des macrophages, va augmenter le niveau d’inflammation dans différents tissus du corps (foie, cellules grasses, muscles, articulation)

L’endotoxinémie (LPS en excès) est reliée à de nombreuses maladies actuelles telles que l’artériosclérose, la maladie d’Alzheimer, le syndrome métabolique, l’obésité, le diabète, l’endométriose, ainsi que la dépression, etc.

Cela est expliqué par le fait que l’excès de LPS dans le sang produit une inflammation de bas grade (via l’activation des TLR-4) activant des cytokines pro-inflammatoires qui vont affecter divers organes. Au niveau neuropsychologique, cette inflammation favorise une humeur dépressive, des troubles cognitifs et un état de fatigue (11). Des études ont montré qu’expérimentalement, l’exposition à des LPS compromettait l’intégrité de la barrière hémato-encéphalique, altérait la voie du tryptophan-kynurenine, induisait une inflammation cérébrale, ainsi qu’un comportement dépressif (12,13).

Comme ce sont les Bacteroidetes et les Proteobacteries qui possèdent les bactéries avec le plus de LPS, il est intéressant de connaître l’importance de leur présence. Certains spécialistes du microbiote proposent de maintenir le taux de :

Bacteroidetes en dessous de 45 %

et

Proteobacteries en dessous de 4 % (le moins est le mieux, car c’est dans ce groupe que ce trouvent les bactéries les plus pathogènes).

Des stratégies simples afin de réduire la population de Bacteroidetes et Proteobacteria

  1. La prise de prébiotiques (FOS, GOS, lactulose, etc.)
  2. Une alimentation riche en aliments non transformés, riches en fibres
  3. Diminuer les apports de gras (car beaucoup de bactéries de ces deux familles métabolisent les sels biliaires, par exemple Bilophila, Desulfovibrio, etc.)

C. Connaître ses amis

La plupart des gens ont entendu parler des bifidobactéries et des lactobacillus. Ces bactéries sont favorables pour notre santé, mais elles sont surtout connues comme probiotiques. Il existe également d’autres classes de bactéries qui ont un impact favorable pour notre santé telles que l’Akkermansiamuciniphila, le Faecalibacteriumprausnitzii et en ordre général les bactéries productrices de butyrates.

LES BIFIDOBACTERIES

Il s’agit de bactéries anaérobes, gram positif, qui en moyenne représentent 0 à 5% des bactéries présentes dans le microbiote. Les effets santé de ces bactéries sont nombreux (14) et comprennent entre autres :

  • Une résistance à la colonisation des bactéries pathogènes
  • Un rôle important dans la transformation des polyphénols
  • Une protection de la paroi intestinale
  • Une stimulation et une modulation favorable de notre immunité
  • Une aide à la production de vitamines (B1,2,3,6,9,12,biotin)
  • Une corrélation inverse avec niveaux de LPS
  • Une protection contre l’insulino-résistance
  • Certaines souches produisent du GABA (anxiolytique naturel)
  • Un rôle protecteur contre la perméabilité intestinale et les troubles de l’humeur

Deux questions se posent par rapport aux bifidobactéries. Premièrement que faut-il faire lorsque les niveaux de bifidobacties sont faibles et deuxièmement est-il possible de réensemencer le microbiote avec des probiotiques composés de bifidobactéries.

Des dizaines d’années d’études ont montré que l’on ne peut pas réinoculer ces bactéries, ni repeupler le microbiote en consommant ces bactéries sous forme de probiotiques ou d’aliments fermentés. Le seul moyen pour restaurer notre population de bifidobactéries est soit de prendre des suppléments de prébiotiques (fibres d’acacias, lactulose, FOS, GOS, PHGG), soit d’avoir une alimentation riche en plantes riches en fibres prébiotiques, ainsi que de consommer des aliments riches en polyphénols.

Bifidobactéries

Population idéale entre 2.5-5%

Des stratégies simples afin de restaurer la population de bifidobactéries

Suppléments en prébiotiques (efficace déjà après 3 mois)

  • fibres d’Acacias, au moins 10 g/j
  • lactulose au moins 5ml/jour
  • GOS au moins 3gr par jour
  • FOS/inuline au moins 3 gr par jour
  • PHGG (17) (Partially hydrolysed guar gum) au moins 5gr/j

Aliments riches en polyphénols

  • Fruits (surtout fruits rouges, pommes, raisins noirs, etc.
  • Noix et graines (lins, noix de pecan, tahin, noisettes, châtaignes…)
  • Végétaux (carottes mauves, patates violettes ou rouges, chou rouge, épinards, oignons rouges, carottes, laitue rouge, etc.)
  • Riz rouge, riz noir, quinoa rouge ou noir, etc.
  • Olives noires, huile d’olive

99 % des polyphénols alimentaires ne sont pas absorbés, mais nécessitent d’être hydrolysés par le microbiote surtout les bifidobactéries.

Aliments riches en prébiotiques,  fructanes (FOS) et galactanes (GOS)

Les fructanes : Topinambour, racine de chicorée, dandelion, ail, oignons, poireaux, asperges, artichauts

Les galactanes : Légumineuses, crucifères, betterave, graines de tournesol, graines de courges

Aliments prébiotiques like :

Riz brun, carottes, cassis, cacao noir, amandes, thé vert, etc

LES LACTOBACILLUS

Il s’agit de gram positif, anaérobe ou microaérophile. Il représente moins de 1 % d’un écosystème sain (typiquement autour de 0,01 %). Les lactobacillus jouent un rôle important dans le petit intestin et le vagin. On a commencé à s’intéresser à ces bactéries au début du 20ème siècle suite aux travaux de Metchnikoff qui a étudié les bactéries produisant les yaourts. Ces bactéries sont faciles à cultiver et on retrouve de nombreuses souches dans les aliments fermentés. Les diverses souches de Lactobacillus ont montré de nombreux bénéfices pour la santé (15,16) :

  • Résistance à la colonisation
  • Production de lactate et de SCFA
  • Certaines souches produisent du GABA
  • Aide à la transformation des polyphénols

Il est dans certains cas possible d’avoir trop de lactobacillus chez des personnes qui ont une prédominance de lactobacillus produisant du lactate. En présence d’une dysbiose, le manque de microbes consommant du d-lactate, fait que le lactate s’accumule dans l’intestin, plus le ph est bas et plus les lactobacilles peuvent se multiplier. Les lactobacilles peuvent croître de 1 % à plus de 60 % dans le microbiote. Dans certains cas, le D lactate est absorbé et la quantité peut dépasser les capacités de l’individu de métaboliser le lactate. Il faut toutefois être conscient que beaucoup de germes sont capables de produire également du lactate, principalement les germes pathogènes (bactéroïdes, E. coli, Klebsiella, streptococcus, etc..).  Une étude à double aveugle a étudié des femmes obèses mises sous fructans (inuline) à raison de 16 gr par jour. Ce traitement a permis une diminution de la population des bactéroïdes avec diminution des niveaux de LPS, augmentation des bifidobactéries et surtout diminution des niveaux de D-lactate (corrélée à la diminution des bactéroïdes).

Lactobacillus

Population idéale 0.01-1%

Des stratégies simples pour augmenter le taux de lactobacillus

– PHGG (partiallyhydrolysedguargum), au moins 5 gr par jour

– Konjac riches en glucomannanes (18) (1.5 gr 2 x par jour)

– Aliments prébiotiques-like : amandes et surtout cassis (extrait en poudre)

– Aliments ou boissons riches en polyphénols comme le chocolat noir ou thé vert

L’AKKERMANSIA MUCINIPHILA

Il s’agit d’une bactérie anaérobe, gram négative. Cette bactérie est associée à un métabolisme sain aidant à la perte de poids. Les études ont montré que l’abondance d’Akkermansia est inversement proportionnelle avec la masse grasse et à l’intolérance à l’insuline, que l’Akkermansia est associé avec une meilleure biodiversité du microbiote et que des niveaux faibles d’Akkermansia sont associés à une plus grande perméabilité intestinale (19,20).

Sa présence se situe entre 1 à 3 % d’un microbiote sain

Comment booster ces taux d’Akkermansia :

Cela est surtout important chez les personnes obèses, avec syndrome métabolique et inflammation de bas grade.

  • La supplémentation en fructanes (FOS et inuline, 3 à 6 gr / jour)
  • Le lactulose
  • La consommation de polyphénols (21) (fruits rouges, peau du raisin noir, grenade, etc. )
  • Le jeûne
  • Les fibres solubles
  • La consommation de graisses saturées diminue les niveaux d’akkermansia alors que celles riches en oméga 3 l’augmentent

FAECALBACTERIUM PRAUSNITZII

Il s’agit de la bactérie la plus abondante dans un intestin sain adulte pouvant aller jusqu’à 25 % de la population d’un microbiote sain. Il s’agit d’un gram positif, anaérobe et surtout c’est LE PRODUCTEUR LE PLUS IMPORTANT DE BUTYRATE.

Les effets du butyrate sur la santé sont nombreux (22,24) et permettent :

  • La protection de l’intégrité de la barrière intestinale du colon et du petit intestin
  • La diminution de l’absorption des endotoxines
  • La diminution des douleurs abdominales chez ceux qui ont une hypersensibilité viscérale
  • L’amélioration du transit intestinal

Dans les effets systémiques :

  • La réduction de l’insulino-résistance
  • La protection contre la mort des cellules neuronales
  • L’amélioration de la fonction de la mitochondrie
  • La diminution de la neuro-inflammation
  • La diminution de l’inflammation systémique via la suppression du relargage des messagers de l’inflammation

Effets bénéfiques potentiels du Faecalbacterium prausnitzii

  • Effets anti-inflammatoire général de l’intestin
  • Sa présence est liée à une réduction de l’inflammation bas grade dans l’obésité et le diabète
  • Une grande présence est liée à une meilleure humeur

Certaines populations d’individu sont à risque d’avoir une baisse de cette bactérie. Il s’agit de ceux qui suivent des diètes pauvres en FODMAP ou sans gluten (pas assez de FOS et de fibres) ou lors de maladie de Crohn ou maladie cœliaque).

Population idéale > 10 à 15 %

Le Faecalbacteriumprausnitzii est considéré comme un indicateur important de la santé de l’écosystème intestinal

Comment augmenter ces taux de Faecalibacterium

  • Les suppléments en prébiotiques
    • Fructanes (inuline)
    • Galactanes (GOS)
    • Le lactulose
  • Les aliments riches en prébiotiques
  • Les aliments riches en fibres (surtout légumineuses)
  • Les aliments riches en polyphénols
  • Mais aussi certains probiotiques
    • Bifidobacteriumlongum BB536
    • Bacillus coagulans GBI-30 6086

D. Évaluer la production de butyrate, marqueur de la santé du microbiote

Nous avons vu que certaines bactéries, comme le Faecalbacteriumprausnitzii, ont la capacité de produire du butyrate. Il existe toutefois de nombreuses bactéries qui produisent du butyrate telles que : Roseburiaspp (taux idéal > 5 à 10 %), Blautla(> 5 à 10 %), Eubacterium(> 15 %), Ruminococcusspp(>15 %) ,Intestinbacter, Coprococcus etc. Idéalement, le pourcentage total des producteurs de butyrate devrait être plus de 40 %.

Le butyrate fait partie des acides gras à chaîne courte avec l’acétate et le propionate. Le butyrate reste le métabolite majeur dans le colon, produit par fermentation bactérienne des fibres alimentaires. Le butyrate est une source d’énergie pour les cellules de la paroi du colon, responsable d’au moins 70 % de l’énergie produite par les colonocytes. Ces effets bénéfiques sont nombreux permettant de réduire les niveaux d’inflammation de l’intestin, il protège du cancer du côlon (28,30). Il aurait également un impact sur notre métabolisme énergétique et de ce fait a un effet protecteur contre les maladies métaboliques et l’obésité.

ÉVITER les stratégies qui diminuent la production de butyrate

La diète occidentale classique est souvent pauvre en fibres et en végétaux et impacte négativement la production des acides gras à chaîne courte comme le butyrate. Diverses diètes sont également mauvaises pour notre microbiote et la production de butyrate. Il s’agit des diètes qui diminuent les fibres (FODMAP etc.) (31), les diètes trop riches en graisses et les diètes hyper protéinées, pauvres en glucides. Certaines de ces diètes peuvent être utilisées à court terme dans un but thérapeutique précis, et souvent l’adjonction de fibres solubles est nécessaire (psyllium, fibres d’acacias, etc.).

Encourager les stratégies qui augmentent la production de butyrate

Diverses stratégies de supplémentation de fibres sont possibles telles que :

  • Le psyllium
  • Le PHGG (Partiallyhydrolysedguargum ++) (17)
  • Les fructanes ou les galactanes
  • Les amidons résistants

Information sur les amidons résistants

L’amidon fait partie des glucides complexes qui sont hydrolysables et se transforment en sucres rapides dans l’intestin grêle. L’amidon résistant, quant à lui, a une structure particulière qui lui permet de ne pas se décomposer en sucres et donc de ne pas être absorbé par l’intestin grêle. Ainsi, d’un point de vue diététique, il agit comme les fibres alimentaires, parcourant tout l’appareil digestif sans être digéré, avant d’être fermenté par le colon. Les études montrent que ce type d’amidon pourrait être utile pour le contrôle du diabète et aurait plein de bienfaits pour le colon, en produisant des acides gras à chaîne courte, comme le butyrate.

Il y a 4 différents types d’amidons résistants.

  • AR1 : Amidon trouvé dans les aliments revêtus d’une graine. L’amidon résiste à la digestion, car il est entouré de cellulose (par exemple les grains de blé entier, les graines de soja, les haricots, les lentilles, etc.)
  • AR2 : Amidon résistant naturellement présent dans certains aliments (farine de banana verte, pommes de terre crues, certaines légumineuses, etc.)
  • AR3 : amidon retrogradé, formé lorsque les aliments riches en amidon sont cuits puis refroidis, augmentant leur teneur en amidon résistant (pommes de terre ou pâtes cuites, puis refroidies, riz à suhis, etc.), aussi retrouvé dans certaines légumineuses.
  • AR4 : amidon chimiquement modifié par les fabricants, de façon à ce qu’ils soient résistants à la digestion

E. Rechercher les pathobiontes (bactéries à potentiel pathogènes)

Les pathobiontes sont des bactéries qui, en proportion inadéquate, peuvent être néfastes pour notre écosystème intestinal et notre santé. Les deux exemples ci-dessous représentent les espèces bactériennes les plus connues comme pathobiontes.

Escherichia Coli

Il s’agit d’un anaérobe facultatif (peut croître en présence ou absence d’O2), gram négatif qui contient des LPS (endotoxines) sur sa paroi. C’est un membre du phylum Proteobacteria et sa présence devrait être moins de 1 % du microbiote du colon. Sa croissance peut être inhibée par un milieu acide du colon. Il faut se rappeler que dans le colon, le ph est déterminé par la production de SCFA (acides gras à chaîne courte comme le butyrate).

L’Escherichia coli peut avoir des effets potentiels positifs comme une aide à la production de la vitamine K2 et vitamines B. Certaines souches peuvent produire du L tryptophan.

Ces effets pathobiontes sont toutefois nombreux :

  • Relation avec le cancer du côlon (25)
  • Augmente la gravité dans la maladie de Crohn (26)
  • Impliqué dans le SIBO, les infections urinaires récurrentes
  • Associé à l’endométriose (27)
  • Associé au syndrome métabolique et au diabète (via les endotoxines LPS)
  • Présent dans les dysbioses induites par la prise d’IPP

Comment réduire les populations de E. Coli

  • Maintenir la biodiversité du microbiote
  • Supplémentation en lactulose +++
  • Supplémentation en galactanes
  • Alimentation riche en fibres (réduit le ph dans l’intestin), se rappeler que plus le ph du colon est acide et moins l’E. coli peut croître.

Bactéroïdes

Il s’agit de bactéries anaerobes gram négatives. Les membranes des bactéries ont des LPS, mais moins pro-inflammatoires que chez E. coli. Il s’agit d’un membre majeur du phylum Bacteroidetes. Ce genre représente 5 à 18 % du microbiote avec beaucoup de variations individuelles. Les bactéroïdes sont dominants chez ceux qui ont des diètes riches en gras et protéines, avec peu de fibres et sont souvent dominant après la prise d’antibiotiques ou des chimiothérapies.

Effets positifs potentiels

  • résistance à la colonisation
  • peut aider à digérer des résidus alimentaires non digérés (amidons, protéines, sucre)
  • peut aider dans la maturation du système immunitaire
  • peut aider à la transformation des polyphénols

Effets pathobiontes

  • souvent impliqués dans les infections
  • peut causer des abcès
  • c’est l’espèce qui a le plus haut taux de résistance aux antibiotiques de tous les anaérobes
  • des taux élevés de bactéroïdes sont associés avec une réduction de la biodiversité et à l’adiposité, l’insulino-résistance et un phénotype inflammatoire
  • c’est un putrificateur de protéines
  • c’est un des plus grands producteurs de beta-glucorinidase, ce qui augmente ainsi le cycle entérohépatique (xénobiotiques, hormones)
  • il produit secondairement des acides biliaires ce qui augmente risque de cancer du côlon

La population idéale de Bacteroides se situe autour de 20 %

C’est une bonne stratégie de réduire des taux élevés de bactéroïdes. Il faut être conscient que le bactéroïde est associé avec une consommation de viandes et de graisses animales et que sa croissance dépendant du ph du colon.

Ce qui diminue les niveaux

  • Lactulose +++
  • Supplémentation de galactanes (GOS) et de fructanes (FOS)
  • Alimentation non transformée riche en fibres et en végétaux
  • Thé vert

F. Les bactéries produisant des gaz défavorables pour notre santé

Les bactéries productrices d’H2S (hydrogène sulfureux)

Diverses bactéries intestinales ont la capacité de produire de l’hydrogène sulfureux. La voie de production la plus classique implique les bactéries sulfato-réductases, dont les espèces les plus connues sont le Desulfovibrio et la BiophilaWadsworthia. Il s’agit de bactéries, gram négatives, faisant partie de la famille des Protobacteria et qui contiennent beaucoup de LPS. La production d’H2S en excès peut induire des dommages de notre ADN, altérer la fonction de diverses enzymes (cytochrome C oxydase, etc.) et perturber la motilité intestinale (32). Ce type de fermentation pourrait être responsable non seulement de troubles digestifs, mais également de douleurs chroniques articulaires ou plus générales (fibromyalgie). L’H2S augmente la sensibilité douloureuse de l’intestin (nociception), s’attaque à l’intégrité de la barrière intestinale (33) et inhibe la production de butyrate.

Les bactéries productrices de H2S

  • Desulfovibriospp et Bilophilaspp
  • La population de ces bactéries doit idéalement être inférieure à 0,01 %
  • Si les deux genres sont sous 0,25 %, c’est encore tolérable

Comment réduire les bactéries productrices de H2S

  • En premier lieu, il faut réduire la consommation de viandes et de protéines. En effet, une diète riche en viande peut augmenter de plus de 15x la production d’H2S par rapport aux végétariens.
  • Il faut diminuer la consommation de graisses animales et de produits laitiers, car le Bilophila se nourrit de gras.
  • Il faut éviter les conservants contenant des produits soufrés comme les sulfites, ainsi que le carageenan (émulsifiant)
  • Il faut faire attention avec les plantes cholagogues (augmentant la production de bile) et les supplémentations en sels biliaires.

Comment minimiser la production H2S

  • Supplémentation en galactanes (GOS) 5 gr par jour
  • Inuline 12 gr/j
  • Supplémentation en acétate de zinc. En effet l’acétate de zinc forme un sel insoluble avec le soufre.

Les bactéries productrices de méthane

De façon prépondérante le méthane est produit par le Methanobrevibactersmithiie, qui n’est pas réellement une bactérie, mais un archea (bactérie primitive), le plus prépondérant dans l’intestin. Le Methanobrevibacter utilise l’hydrogène et le gaz carbonique produits par les bactéries pour faire du méthane. Des études récentes suggèrent que cet archéa est présent dans 96 % de la population. La production de trop de méthane va ralentir le transit gastro-intestinal, avec comme conséquence un ralentissement du transit intestinal, une constipation. On retrouve souvent un excès de méthane chez les personnes constipées, ainsi que dans les colons irritables IBS-C (34). Ces archea sont également reliés à des maladies métaboliques comme l’obésité (35-36). L’éradication des bactéries méthanogènes chez des personnes obèses a montré des améliorations notables sur les lipides sanguins et la réduction de l’insulino-résistance (37). Donner des substances antimicrobiennes est une stratégie intéressante pour améliorer le métabolisme.

De plus, la population d’archea methanogène est inversement proportionnelle à la concentration de butyrate. Donc en nourrissant et en stimulant la production de butyrate, on peut inhiber la croissance des germes méthanogènes. Le ph au niveau du colon est un indicateur des risques de croissance de ce type de germes. Ainsi, un ph entre 7-7.5 est associé à une croissance plus importante des méthanogènes, alors qu’un ph inférieur à 6.5 inhibe la croissance de ces germes.

Comment réduire les bactéries productrices de méthane

  • Le PHGG (Partially hydrolysed guar gum): étude avec 4gr/j
  • Les galactanes (GOS)
  • Le lactobacillus reuteri DSM 17938 (Biogaia protectis baby 5 gtts /jour)
  • Certaines plantes médicinales réduisent la population de ces bactéries
    • L’Allicine (extrait d’ail)
    • Le Propolis
    • L’huile essentielle d’Origan
  • Certains polyphénols comme les pépins de raisins, l’écorce de pin (picogenol). L’Atrantil est une combinaison de polyphénols favorable contre les flores méthanogènes.
  • Certains laxatifs comme l’oxyde de magnésium ou le lactulose

En conclusion

L’analyse du microbiote par séquençage de l’ADN bactérien devient progressivement un outil performant pour faire le point sur son microbiote. Il est difficile de comparer le microbiote entre deux personnes, puisque souvent nous n’avons qu’environ 10 % de gênes bactériens identiques d’une personne à l’autre. Toutefois, nous avons vu qu’il existe certains constats qui nous amènent des informations utiles pour évaluer la santé de notre microbiote. De plus, notre microbiote réagit et se modifie selon notre environnement, surtout notre alimentation. Dès lors, ces tests permettent de suivre l’évolution de son microbiote, suite à des modifications de son alimentation ou d’autres facteurs environnementaux. Dans les pays anglo-saxons, de plus en plus de nutritionnistes ou de médecins formés en médecine nutritionnelle, utilisent ce type de bilan avec leur patient. Tout n’est pas encore parfait. Il manque encore du recul pour confirmer de façon indéniable la fiabilité de ces informations. Toutefois, la science avance rapidement dans ce domaine et les études se multiplient nous permettant de comprendre chaque jour de mieux en mieux notre microbiote et son impact sur notre santé. Un autre problème reste le coût de ces bilans qui sont relativement chers et pas toujours facilement accessibles. De plus, chaque laboratoire analyse de façon un peu différente le microbiote et les prestations ne sont pas toujours identiques. En dernier lieu, il faut trouver un thérapeute ou un médecin qui s’intéresse à ces bilans, qui est capable de les interpréter et de proposer des stratégies adaptées. L’intérêt de cet article c’est d’offrir un maximum d’informations pour les thérapeutes et les personnes intéressées afin qu’elles puissent commencer à marcher sur ce chemin prometteur.

Dr. A. D’Oro

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Dr. A. D'Oro

Dr. A. D'Oro

Consultations en Micronutrition et Alimentation Santé, site: www.plomed.ch, Email: secretairedoro@gmail.com,Tel: +41.22.301.63.38, 

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