L’analyse du microbiote, un atout pour restaurer son écosystème intestinal

Print Friendly, PDF & Email

Introduction

Voici tout juste une année, j’ai publié sur ce blog un article sur l’analyse du microbiote (par séquençage ADN). J’estimais, à l’époque, que nous étions au début de l’exploration du microbiote et que bien que ces analyses soient intéressantes, l’intérêt de ces examens dans la prise en charge du microbiote restait encore discutable. Maintenant, nous avons un peu plus de recul et le but de cet article est de montrer que ces analyses nous amènent des informations de plus en plus utiles pour la prise en charge de notre microbiote. Nous allons voir quels sont les éléments vraiment importants que nous pouvons extraire de ces analyses et surtout quelles sont les stratégies thérapeutiques qui en découlent et qui vont permettre une restauration plus ciblée du microbiote.

Généralités sur le microbiote

Pour rappel, notre microbiote comprend environ 100 000 milliards de bactéries réparties entre plus de 1 000 espèces différentes, pesant dans notre intestin entre 1 à 2 kg. Ces bactéries vivent à l’unisson avec nous et selon l’équilibre de l’écosystème intestinal, elles nous aident à promouvoir la santé ou dans certains cas à initier la maladie. Ces dernières décennies, nous avons découvert de plus en plus de relation entre nos bactéries intestinales et notre état de santé physique et mental. Voici une liste non exhaustive de ce que fait le microbiote pour notre santé :

  • Il a la capacité de moduler notre système immunitaire, par exemple en régulant notre immunité non spécifique (1), ainsi, il nous protège contre le développement des allergies.
  • Il améliore notre status nutritionnel en permettant une meilleure absorption des minéraux (calcium, magnésium, zinc, etc.), en fabriquant des vitamines (vitamines du groupe B et vitamine K) et en améliorant la récupération énergétique des aliments.
  • Il nous protège contre les mauvais germes (résistance à la colonisation).
  • Il produit des acides gras volatils tels que le butyrate aux multiples effets sur notre santé.
  • Il joue un rôle sur notre métabolisme, par exemple sur la gestion du poids, le contrôle de la glycémie et la sensibilité à l’insuline (2,3).
  • Il a un impact sur le niveau d’inflammation de notre corps, soit en le baissant soit en l’augmentant, selon nos bactéries intestinales.
  • Il influence notre humeur (dépression, anxiété) (4,5).
  • Il joue un rôle important dans de nombreuses maladies gastro-intestinales (maladie coeliaque, la maladie de Crohn, la diverticulose, le SIBO, la colite ulcéreuse ou le côlon irritable, etc.).
  • Il est impliqué dans de nombreuses maladies non intestinales telles que la maladie d’Alzheimer, la dépression, l’asthme, l’autisme, la fatigue chronique, l’eczéma, l’endométriose, le syndrome métabolique, l’obésité, le diabète de type 1 et 2, les maladies auto-immunes comme la polyarthrite rhumatoïde, etc.

Comment diagnostiquer un déséquilibre du microbiote, appelé dysbiose

L’histoire de la personne

Certains éléments de l’histoire d’une personne vont nous aiguiller vers la possibilité d’un déséquilibre du microbiote, nommé dysbiose. Les choses peuvent commencer dès la naissance ou la petite enfance. En effet, nous savons qu’une personne née par césarienne ou/et qui n’a pas été allaitée ne peut ensemencer correctement son microbiote et va présenter un microbiote déséquilibré. La prise d’antibiotiques dans les premières années de vie est également très néfaste pour la maturation du microbiote. Par la suite, certains facteurs de vie tels qu’un stress important ou une mauvaise alimentation vont jouer un rôle négatif sur l’équilibre de l’écosystème intestinal. Sur le plan diététique, il peut s’agir d’une alimentation type junk food riche en produits raffinés (pain, pâtes, pizza), mais également certaines diètes pauvres en végétaux et en fibres peuvent impacter négativement le microbiote (diète pauvre en FODMAP, diète cétogène, diète hyperprotéinée, etc.). Certains médicaments peuvent perturber fortement la flore intestinale, tels que les antibiotiques ou la prise prolongée d’anti-inflammatoires non stéroïdiens ou la prise d’inhibiteurs de la pompe à proton (IPP).

L’analyse du microbiote par séquençage de l’ADN bactérien

Pendant longtemps, il fallait se contenter des cultures pour évaluer la composition des bactéries intestinales. Beaucoup de microbes connus sont faciles à cultiver tels que l’Escherichia coli, les entérocoques, les bactéroïdes, les streptocoques, des lactobacillus, des bifidobactéries, etc. La technique s’est améliorée grâce aux cultures anaérobies. Toutefois, cette technique nécessite une croissance sur des milieux spécifiques, prend du temps et les cultures ne sont pas représentatives de la croissance réelle du microbe dans son environnement. De plus, le problème avec les cultures, c’est leur incapacité à cultiver l’ensemble des bactéries de l’écosystème.

Les approches moléculaires avec séquençage de l’ADN vont révolutionner nos connaissances du microbiote. Ces approches vont nous offrir un tableau beaucoup plus complet des membres peuplant l’écosystème intestinal et permettent également d’évaluer l’impact des diètes ou des traitements sur le microbiote. En contrepartie, ces techniques sont encore à perfectionner, et il faudra encore beaucoup de recherche pour interpréter de mieux en mieux ces analyses.

Analyse du microbiote, les informations qui sont utiles

Les analyses de selles, basées sur le séquençage de l’ADN bactérien, semblent aujourd’hui les analyses les plus proches de la réalité de notre microbiote. Actuellement sur le marché, il existe plusieurs laboratoires qui proposent ce type d’analyse dont la plupart sont américains. On peut évoquer entre autres les sociétés Ubiome, American gut, Vibrant Wellness, Genova, etc. En Angleterre, il existe le laboratoire Diagnostics Solutions qui commercialise le GI-MAP et toujours en Europe, le laboratoire belge LIMS-MBNEXT propose également une analyse du microbiote. La plupart des laboratoires vont proposer une analyse par séquençage génétique de votre microbiote en classifiant les bactéries par phylum, genre et espèce. La plupart des laboratoires vont également associer une recherche de bactéries pathogènes (shigelles, salmonelles, campylobacter, clostridium difficile, etc.) de levures ou de parasites (giardia, candida, entamoeba, etc.). Mais que faire de toutes ces informations, lesquelles sont pertinentes et permettent d’agir et d’offrir des stratégies pour améliorer la santé du microbiote. C’est tout cela que nous allons voir à présent. Pour commencer, selon les recherches actuelles et les spécialistes dans le domaine du microbiote, il faut savoir quelles sont les informations importantes à extraire de ces bilans et pourquoi.

A.    La biodiversité du microbiote

B.     Avoir une appréciation des grandes familles de bactéries appelées phylum

C.     Connaître ces bactéries amies

D.    Évaluer la production de butyrate, marqueur de la santé du microbiote

E.     Rechercher les pathobiontes (bactéries à potentiel pathogènes)

F.     Évaluer la présence de bactéries produisant des gaz mauvais pour la santé

A. La biodiversité de son microbiote

La vie en général est caractérisée par la biodiversité. Dans l’intestin, c’est la même chose. Plus on a de colonies de bactéries différentes, plus l’écosystème est sain (6). De multiples études ont montré qu’un manque de biodiversité du microbiote est associé à de multiples problèmes de santé, tels qu’une augmentation des risques d’allergies, l’obésité, des dyslipidémies, une inflammation systémique, etc. (7). Les facteurs qui impactent négativement notre biodiversité sont multiples et relativement bien connus. Il s’agit entre autres :

  • d’une naissance par césarienne,
  • d’un manque d’allaitement
  • la prise fréquente d’AB dans la petite enfance
  • d’une alimentation pauvre en aliments riches en fibres et prébiotiques, ce qui représente le modèle classique d’une alimentation occidentale (steak/frites)
  • d’une prise récente d’antibiotiques ou une prise fréquente
  • la consommation chronique de certains médicaments (AINS, IPP)
  • des diètes restrictives prolongées (FODMAP, diète cétogène, etc.)

Lors d’une analyse du microbiote, les laboratoires utilisent un index évaluant la biodiversité du microbiote. En comparant les banques de données des donneurs, les laboratoires peuvent offrir une appréciation sur la biodiversité bactérienne du microbiote. Cela donne un indice à la personne sur sa biodiversité par rapport à une population donnée. Si cet index, en soi-même, n’est pas encore scientifiquement reconnu comme un index santé, il donne une idée à une personne de sa biodiversité et peut être considéré comme un point de départ avant une prise en charge alimentaire.

B. Avoir une appréciation des grandes familles de bactéries appelées phylum

Le microbiote intestinal est composé dans une très large majorité par des bactéries anaérobes. Plus de 95 % du microbiote est représenté par 5 grandes familles qu’on appelle phylum. Ces phyla sont composés par des groupes de bactéries appelés genre, par exemple les lactobacillus, le lactobacillus acidophilus, par exemple, sera considéré comme une espèce.

Voici les 5 grandes familles composant notre microbiote  dont la majorité des bactéries proviennent des deux premières familles.

1.     Les Firmicutes

Il s’agit de bactéries gram-abondantes dans le colon avec une grande diversité. On retrouve la majorité des espèces cultivées par les laboratoires, dont par exemple le lactobacillus.

2.     Les Bacteroidetes

Les bactéries de cette famille sont des gram -, anaérobe, souvent abondantes comme les bactéroïdes, etc.

3.     Les Actinobacteria

Ce genre inclus des bactéries gram + comme les bifidobacteries.

4.     Les Proteobactéria

On retrouve dans ce groupe beaucoup de pathogènes, dont campylobacter, klebsiella, desulfovibrio, bilophila, enterobacter, E. coli, etc.

5.      Les Verrucomicrobia

Ce groupe inclut des bactéries comme l’Akkermansia qui semblent spécialisées dans la dégradation du mucus

Le ratio Firmicutes/Bacteroidetes ne semble pas aussi pertinent que prévu

Cette dernière décennie, plusieurs études semblent avoir montré que le rapport entre les deux phyla principaux donnait des informations pertinentes sur l’état du microbiote.

Des études initiales avaient montré que les obèses avaient une diminution du taux de Bacteroidetes et proportionnellement plus de Firmicutes par rapport aux personnes minces (8). Des études récentes ont toutefois rejeté ces constats (9). En effet, diverses études, dans un premier temps, avaient retenu ce rapport comme pertinent pour certaines maladies métaboliques, mais finalement d’autres études n’ont pas confirmé cet intérêt.

Pourquoi est-il intéressant de connaître le pourcentage des Proteobactéria et des Bacteroidetes, la réponse vient des lipopolysaccharides (LPS)

Pour comprendre l’intérêt de ces deux familles, il faut se pencher sur une endotoxine responsable de nombreux problèmes de santé, les lipopolysaccharides (LPS). Les LPS sont une structure de la portion externe membranaire des bactéries gram-, elles représentent jusqu’à 80 % de la masse de la paroi des cellules gram-. Quand la bactérie meurt, les LPS sont envoyés dans le colon. Comme beaucoup de bactéries meurent dans l’intestin, on trouve de grandes quantités de LPS dans la lumière intestinale, surtout provenant des familles Proteobacteria et Bacteroidetes.

Chez un individu sain avec une bonne intégrité de sa barrière intestinale et un écosystème équilibré (alimentation riche en végétaux et fibres), très peu de LPS peuvent traverser la barrière intestinale et se retrouver dans le sang. A contrario, divers agents altérant la perméabilité intestinale (AINS, alcool) ou causant une dysbiose (alimentation junk food) peuvent augmenter le niveau de LPS dans le sang (10). L’augmentation des LPS dans le sang, via l’activation des macrophages, va augmenter le niveau d’inflammation dans différents tissus du corps (foie, cellules grasses, muscles, articulation)

L’endotoxinémie (LPS en excès) est reliée à de nombreuses maladies actuelles telles que l’artériosclérose, la maladie d’Alzheimer, le syndrome métabolique, l’obésité, le diabète, l’endométriose, ainsi que la dépression, etc.

Cela est expliqué par le fait que l’excès de LPS dans le sang produit une inflammation de bas grade (via l’activation des TLR-4) activant des cytokines pro-inflammatoires qui vont affecter divers organes. Au niveau neuropsychologique, cette inflammation favorise une humeur dépressive, des troubles cognitifs et un état de fatigue (11). Des études ont montré qu’expérimentalement, l’exposition à des LPS compromettait l’intégrité de la barrière hémato-encéphalique, altérait la voie du tryptophan-kynurenine, induisait une inflammation cérébrale, ainsi qu’un comportement dépressif (12,13).

Comme ce sont les Bacteroidetes et les Proteobacteries qui possèdent les bactéries avec le plus de LPS, il est intéressant de connaître l’importance de leur présence. Certains spécialistes du microbiote proposent de maintenir le taux de :

Bacteroidetes en dessous de 45 %

et

Proteobacteries en dessous de 4 % (le moins est le mieux, car c’est dans ce groupe que ce trouvent les bactéries les plus pathogènes).

Des stratégies simples afin de réduire la population de Bacteroidetes et Proteobacteria

  1. La prise de prébiotiques (FOS, GOS, lactulose, etc.)
  2. Une alimentation riche en aliments non transformés, riches en fibres
  3. Diminuer les apports de gras (car beaucoup de bactéries de ces deux familles métabolisent les sels biliaires, par exemple Bilophila, Desulfovibrio, etc.)

C. Connaître ses amis

La plupart des gens ont entendu parler des bifidobactéries et des lactobacillus. Ces bactéries sont favorables pour notre santé, mais elles sont surtout connues comme probiotiques. Il existe également d’autres classes de bactéries qui ont un impact favorable pour notre santé telles que l’Akkermansiamuciniphila, le Faecalibacteriumprausnitzii et en ordre général les bactéries productrices de butyrates.

LES BIFIDOBACTERIES

Il s’agit de bactéries anaérobes, gram positif, qui en moyenne représentent 0 à 5% des bactéries présentes dans le microbiote. Les effets santé de ces bactéries sont nombreux (14) et comprennent entre autres :

  • Une résistance à la colonisation des bactéries pathogènes
  • Un rôle important dans la transformation des polyphénols
  • Une protection de la paroi intestinale
  • Une stimulation et une modulation favorable de notre immunité
  • Une aide à la production de vitamines (B1,2,3,6,9,12,biotin)
  • Une corrélation inverse avec niveaux de LPS
  • Une protection contre l’insulino-résistance
  • Certaines souches produisent du GABA (anxiolytique naturel)
  • Un rôle protecteur contre la perméabilité intestinale et les troubles de l’humeur

Deux questions se posent par rapport aux bifidobactéries. Premièrement que faut-il faire lorsque les niveaux de bifidobacties sont faibles et deuxièmement est-il possible de réensemencer le microbiote avec des probiotiques composés de bifidobactéries.

Des dizaines d’années d’études ont montré que l’on ne peut pas réinoculer ces bactéries, ni repeupler le microbiote en consommant ces bactéries sous forme de probiotiques ou d’aliments fermentés. Le seul moyen pour restaurer notre population de bifidobactéries est soit de prendre des suppléments de prébiotiques (fibres d’acacias, lactulose, FOS, GOS, PHGG), soit d’avoir une alimentation riche en plantes riches en fibres prébiotiques, ainsi que de consommer des aliments riches en polyphénols.

Bifidobactéries

Population idéale entre 2.5-5%

Des stratégies simples afin de restaurer la population de bifidobactéries

Suppléments en prébiotiques (efficace déjà après 3 mois)

  • fibres d’Acacias, au moins 10 g/j
  • lactulose au moins 5ml/jour
  • GOS au moins 3gr par jour
  • FOS/inuline au moins 3 gr par jour
  • PHGG (17) (Partially hydrolysed guar gum) au moins 5gr/j

Aliments riches en polyphénols

  • Fruits (surtout fruits rouges, pommes, raisins noirs, etc.
  • Noix et graines (lins, noix de pecan, tahin, noisettes, châtaignes…)
  • Végétaux (carottes mauves, patates violettes ou rouges, chou rouge, épinards, oignons rouges, carottes, laitue rouge, etc.)
  • Riz rouge, riz noir, quinoa rouge ou noir, etc.
  • Olives noires, huile d’olive

99 % des polyphénols alimentaires ne sont pas absorbés, mais nécessitent d’être hydrolysés par le microbiote surtout les bifidobactéries.

Aliments riches en prébiotiques,  fructanes (FOS) et galactanes (GOS)

Les fructanes : Topinambour, racine de chicorée, dandelion, ail, oignons, poireaux, asperges, artichauts

Les galactanes : Légumineuses, crucifères, betterave, graines de tournesol, graines de courges

Aliments prébiotiques like :

Riz brun, carottes, cassis, cacao noir, amandes, thé vert, etc

LES LACTOBACILLUS

Il s’agit de gram positif, anaérobe ou microaérophile. Il représente moins de 1 % d’un écosystème sain (typiquement autour de 0,01 %). Les lactobacillus jouent un rôle important dans le petit intestin et le vagin. On a commencé à s’intéresser à ces bactéries au début du 20ème siècle suite aux travaux de Metchnikoff qui a étudié les bactéries produisant les yaourts. Ces bactéries sont faciles à cultiver et on retrouve de nombreuses souches dans les aliments fermentés. Les diverses souches de Lactobacillus ont montré de nombreux bénéfices pour la santé (15,16) :

  • Résistance à la colonisation
  • Production de lactate et de SCFA
  • Certaines souches produisent du GABA
  • Aide à la transformation des polyphénols

Il est dans certains cas possible d’avoir trop de lactobacillus chez des personnes qui ont une prédominance de lactobacillus produisant du lactate. En présence d’une dysbiose, le manque de microbes consommant du d-lactate, fait que le lactate s’accumule dans l’intestin, plus le ph est bas et plus les lactobacilles peuvent se multiplier. Les lactobacilles peuvent croître de 1 % à plus de 60 % dans le microbiote. Dans certains cas, le D lactate est absorbé et la quantité peut dépasser les capacités de l’individu de métaboliser le lactate. Il faut toutefois être conscient que beaucoup de germes sont capables de produire également du lactate, principalement les germes pathogènes (bactéroïdes, E. coli, Klebsiella, streptococcus, etc..).  Une étude à double aveugle a étudié des femmes obèses mises sous fructans (inuline) à raison de 16 gr par jour. Ce traitement a permis une diminution de la population des bactéroïdes avec diminution des niveaux de LPS, augmentation des bifidobactéries et surtout diminution des niveaux de D-lactate (corrélée à la diminution des bactéroïdes).

Lactobacillus

Population idéale 0.01-1%

Des stratégies simples pour augmenter le taux de lactobacillus

– PHGG (partiallyhydrolysedguargum), au moins 5 gr par jour

– Konjac riches en glucomannanes (18) (1.5 gr 2 x par jour)

– Aliments prébiotiques-like : amandes et surtout cassis (extrait en poudre)

– Aliments ou boissons riches en polyphénols comme le chocolat noir ou thé vert

L’AKKERMANSIA MUCINIPHILA

Il s’agit d’une bactérie anaérobe, gram négative. Cette bactérie est associée à un métabolisme sain aidant à la perte de poids. Les études ont montré que l’abondance d’Akkermansia est inversement proportionnelle avec la masse grasse et à l’intolérance à l’insuline, que l’Akkermansia est associé avec une meilleure biodiversité du microbiote et que des niveaux faibles d’Akkermansia sont associés à une plus grande perméabilité intestinale (19,20).

Sa présence se situe entre 1 à 3 % d’un microbiote sain

Comment booster ces taux d’Akkermansia :

Cela est surtout important chez les personnes obèses, avec syndrome métabolique et inflammation de bas grade.

  • La supplémentation en fructanes (FOS et inuline, 3 à 6 gr / jour)
  • Le lactulose
  • La consommation de polyphénols (21) (fruits rouges, peau du raisin noir, grenade, etc. )
  • Le jeûne
  • Les fibres solubles
  • La consommation de graisses saturées diminue les niveaux d’akkermansia alors que celles riches en oméga 3 l’augmentent

FAECALBACTERIUM PRAUSNITZII

Il s’agit de la bactérie la plus abondante dans un intestin sain adulte pouvant aller jusqu’à 25 % de la population d’un microbiote sain. Il s’agit d’un gram positif, anaérobe et surtout c’est LE PRODUCTEUR LE PLUS IMPORTANT DE BUTYRATE.

Les effets du butyrate sur la santé sont nombreux (22,24) et permettent :

  • La protection de l’intégrité de la barrière intestinale du colon et du petit intestin
  • La diminution de l’absorption des endotoxines
  • La diminution des douleurs abdominales chez ceux qui ont une hypersensibilité viscérale
  • L’amélioration du transit intestinal

Dans les effets systémiques :

  • La réduction de l’insulino-résistance
  • La protection contre la mort des cellules neuronales
  • L’amélioration de la fonction de la mitochondrie
  • La diminution de la neuro-inflammation
  • La diminution de l’inflammation systémique via la suppression du relargage des messagers de l’inflammation

Effets bénéfiques potentiels du Faecalbacterium prausnitzii

  • Effets anti-inflammatoire général de l’intestin
  • Sa présence est liée à une réduction de l’inflammation bas grade dans l’obésité et le diabète
  • Une grande présence est liée à une meilleure humeur

Certaines populations d’individu sont à risque d’avoir une baisse de cette bactérie. Il s’agit de ceux qui suivent des diètes pauvres en FODMAP ou sans gluten (pas assez de FOS et de fibres) ou lors de maladie de Crohn ou maladie cœliaque).

Population idéale > 10 à 15 %

Le Faecalbacteriumprausnitzii est considéré comme un indicateur important de la santé de l’écosystème intestinal

Comment augmenter ces taux de Faecalibacterium

  • Les suppléments en prébiotiques
    • Fructanes (inuline)
    • Galactanes (GOS)
    • Le lactulose
  • Les aliments riches en prébiotiques
  • Les aliments riches en fibres (surtout légumineuses)
  • Les aliments riches en polyphénols
  • Mais aussi certains probiotiques
    • Bifidobacteriumlongum BB536
    • Bacillus coagulans GBI-30 6086

D. Évaluer la production de butyrate, marqueur de la santé du microbiote

Nous avons vu que certaines bactéries, comme le Faecalbacteriumprausnitzii, ont la capacité de produire du butyrate. Il existe toutefois de nombreuses bactéries qui produisent du butyrate telles que : Roseburiaspp (taux idéal > 5 à 10 %), Blautla(> 5 à 10 %), Eubacterium(> 15 %), Ruminococcusspp(>15 %) ,Intestinbacter, Coprococcus etc. Idéalement, le pourcentage total des producteurs de butyrate devrait être plus de 40 %.

Le butyrate fait partie des acides gras à chaîne courte avec l’acétate et le propionate. Le butyrate reste le métabolite majeur dans le colon, produit par fermentation bactérienne des fibres alimentaires. Le butyrate est une source d’énergie pour les cellules de la paroi du colon, responsable d’au moins 70 % de l’énergie produite par les colonocytes. Ces effets bénéfiques sont nombreux permettant de réduire les niveaux d’inflammation de l’intestin, il protège du cancer du côlon (28,30). Il aurait également un impact sur notre métabolisme énergétique et de ce fait a un effet protecteur contre les maladies métaboliques et l’obésité.

ÉVITER les stratégies qui diminuent la production de butyrate

La diète occidentale classique est souvent pauvre en fibres et en végétaux et impacte négativement la production des acides gras à chaîne courte comme le butyrate. Diverses diètes sont également mauvaises pour notre microbiote et la production de butyrate. Il s’agit des diètes qui diminuent les fibres (FODMAP etc.) (31), les diètes trop riches en graisses et les diètes hyper protéinées, pauvres en glucides. Certaines de ces diètes peuvent être utilisées à court terme dans un but thérapeutique précis, et souvent l’adjonction de fibres solubles est nécessaire (psyllium, fibres d’acacias, etc.).

Encourager les stratégies qui augmentent la production de butyrate

Diverses stratégies de supplémentation de fibres sont possibles telles que :

  • Le psyllium
  • Le PHGG (Partiallyhydrolysedguargum ++) (17)
  • Les fructanes ou les galactanes
  • Les amidons résistants

Information sur les amidons résistants

L’amidon fait partie des glucides complexes qui sont hydrolysables et se transforment en sucres rapides dans l’intestin grêle. L’amidon résistant, quant à lui, a une structure particulière qui lui permet de ne pas se décomposer en sucres et donc de ne pas être absorbé par l’intestin grêle. Ainsi, d’un point de vue diététique, il agit comme les fibres alimentaires, parcourant tout l’appareil digestif sans être digéré, avant d’être fermenté par le colon. Les études montrent que ce type d’amidon pourrait être utile pour le contrôle du diabète et aurait plein de bienfaits pour le colon, en produisant des acides gras à chaîne courte, comme le butyrate.

Il y a 4 différents types d’amidons résistants.

  • AR1 : Amidon trouvé dans les aliments revêtus d’une graine. L’amidon résiste à la digestion, car il est entouré de cellulose (par exemple les grains de blé entier, les graines de soja, les haricots, les lentilles, etc.)
  • AR2 : Amidon résistant naturellement présent dans certains aliments (farine de banana verte, pommes de terre crues, certaines légumineuses, etc.)
  • AR3 : amidon retrogradé, formé lorsque les aliments riches en amidon sont cuits puis refroidis, augmentant leur teneur en amidon résistant (pommes de terre ou pâtes cuites, puis refroidies, riz à suhis, etc.), aussi retrouvé dans certaines légumineuses.
  • AR4 : amidon chimiquement modifié par les fabricants, de façon à ce qu’ils soient résistants à la digestion

E. Rechercher les pathobiontes (bactéries à potentiel pathogènes)

Les pathobiontes sont des bactéries qui, en proportion inadéquate, peuvent être néfastes pour notre écosystème intestinal et notre santé. Les deux exemples ci-dessous représentent les espèces bactériennes les plus connues comme pathobiontes.

Escherichia Coli

Il s’agit d’un anaérobe facultatif (peut croître en présence ou absence d’O2), gram négatif qui contient des LPS (endotoxines) sur sa paroi. C’est un membre du phylum Proteobacteria et sa présence devrait être moins de 1 % du microbiote du colon. Sa croissance peut être inhibée par un milieu acide du colon. Il faut se rappeler que dans le colon, le ph est déterminé par la production de SCFA (acides gras à chaîne courte comme le butyrate).

L’Escherichia coli peut avoir des effets potentiels positifs comme une aide à la production de la vitamine K2 et vitamines B. Certaines souches peuvent produire du L tryptophan.

Ces effets pathobiontes sont toutefois nombreux :

  • Relation avec le cancer du côlon (25)
  • Augmente la gravité dans la maladie de Crohn (26)
  • Impliqué dans le SIBO, les infections urinaires récurrentes
  • Associé à l’endométriose (27)
  • Associé au syndrome métabolique et au diabète (via les endotoxines LPS)
  • Présent dans les dysbioses induites par la prise d’IPP

Comment réduire les populations de E. Coli

  • Maintenir la biodiversité du microbiote
  • Supplémentation en lactulose +++
  • Supplémentation en galactanes
  • Alimentation riche en fibres (réduit le ph dans l’intestin), se rappeler que plus le ph du colon est acide et moins l’E. coli peut croître.

Bactéroïdes

Il s’agit de bactéries anaerobes gram négatives. Les membranes des bactéries ont des LPS, mais moins pro-inflammatoires que chez E. coli. Il s’agit d’un membre majeur du phylum Bacteroidetes. Ce genre représente 5 à 18 % du microbiote avec beaucoup de variations individuelles. Les bactéroïdes sont dominants chez ceux qui ont des diètes riches en gras et protéines, avec peu de fibres et sont souvent dominant après la prise d’antibiotiques ou des chimiothérapies.

Effets positifs potentiels

  • résistance à la colonisation
  • peut aider à digérer des résidus alimentaires non digérés (amidons, protéines, sucre)
  • peut aider dans la maturation du système immunitaire
  • peut aider à la transformation des polyphénols

Effets pathobiontes

  • souvent impliqués dans les infections
  • peut causer des abcès
  • c’est l’espèce qui a le plus haut taux de résistance aux antibiotiques de tous les anaérobes
  • des taux élevés de bactéroïdes sont associés avec une réduction de la biodiversité et à l’adiposité, l’insulino-résistance et un phénotype inflammatoire
  • c’est un putrificateur de protéines
  • c’est un des plus grands producteurs de beta-glucorinidase, ce qui augmente ainsi le cycle entérohépatique (xénobiotiques, hormones)
  • il produit secondairement des acides biliaires ce qui augmente risque de cancer du côlon

La population idéale de Bacteroides se situe autour de 20 %

C’est une bonne stratégie de réduire des taux élevés de bactéroïdes. Il faut être conscient que le bactéroïde est associé avec une consommation de viandes et de graisses animales et que sa croissance dépendant du ph du colon.

Ce qui diminue les niveaux

  • Lactulose +++
  • Supplémentation de galactanes (GOS) et de fructanes (FOS)
  • Alimentation non transformée riche en fibres et en végétaux
  • Thé vert

F. Les bactéries produisant des gaz défavorables pour notre santé

Les bactéries productrices d’H2S (hydrogène sulfureux)

Diverses bactéries intestinales ont la capacité de produire de l’hydrogène sulfureux. La voie de production la plus classique implique les bactéries sulfato-réductases, dont les espèces les plus connues sont le Desulfovibrio et la BiophilaWadsworthia. Il s’agit de bactéries, gram négatives, faisant partie de la famille des Protobacteria et qui contiennent beaucoup de LPS. La production d’H2S en excès peut induire des dommages de notre ADN, altérer la fonction de diverses enzymes (cytochrome C oxydase, etc.) et perturber la motilité intestinale (32). Ce type de fermentation pourrait être responsable non seulement de troubles digestifs, mais également de douleurs chroniques articulaires ou plus générales (fibromyalgie). L’H2S augmente la sensibilité douloureuse de l’intestin (nociception), s’attaque à l’intégrité de la barrière intestinale (33) et inhibe la production de butyrate.

Les bactéries productrices de H2S

  • Desulfovibriospp et Bilophilaspp
  • La population de ces bactéries doit idéalement être inférieure à 0,01 %
  • Si les deux genres sont sous 0,25 %, c’est encore tolérable

Comment réduire les bactéries productrices de H2S

  • En premier lieu, il faut réduire la consommation de viandes et de protéines. En effet, une diète riche en viande peut augmenter de plus de 15x la production d’H2S par rapport aux végétariens.
  • Il faut diminuer la consommation de graisses animales et de produits laitiers, car le Bilophila se nourrit de gras.
  • Il faut éviter les conservants contenant des produits soufrés comme les sulfites, ainsi que le carageenan (émulsifiant)
  • Il faut faire attention avec les plantes cholagogues (augmentant la production de bile) et les supplémentations en sels biliaires.

Comment minimiser la production H2S

  • Supplémentation en galactanes (GOS) 5 gr par jour
  • Inuline 12 gr/j
  • Supplémentation en acétate de zinc. En effet l’acétate de zinc forme un sel insoluble avec le soufre.

Les bactéries productrices de méthane

De façon prépondérante le méthane est produit par le Methanobrevibactersmithiie, qui n’est pas réellement une bactérie, mais un archea (bactérie primitive), le plus prépondérant dans l’intestin. Le Methanobrevibacter utilise l’hydrogène et le gaz carbonique produits par les bactéries pour faire du méthane. Des études récentes suggèrent que cet archéa est présent dans 96 % de la population. La production de trop de méthane va ralentir le transit gastro-intestinal, avec comme conséquence un ralentissement du transit intestinal, une constipation. On retrouve souvent un excès de méthane chez les personnes constipées, ainsi que dans les colons irritables IBS-C (34). Ces archea sont également reliés à des maladies métaboliques comme l’obésité (35-36). L’éradication des bactéries méthanogènes chez des personnes obèses a montré des améliorations notables sur les lipides sanguins et la réduction de l’insulino-résistance (37). Donner des substances antimicrobiennes est une stratégie intéressante pour améliorer le métabolisme.

De plus, la population d’archea methanogène est inversement proportionnelle à la concentration de butyrate. Donc en nourrissant et en stimulant la production de butyrate, on peut inhiber la croissance des germes méthanogènes. Le ph au niveau du colon est un indicateur des risques de croissance de ce type de germes. Ainsi, un ph entre 7-7.5 est associé à une croissance plus importante des méthanogènes, alors qu’un ph inférieur à 6.5 inhibe la croissance de ces germes.

Comment réduire les bactéries productrices de méthane

  • Le PHGG (Partially hydrolysed guar gum): étude avec 4gr/j
  • Les galactanes (GOS)
  • Le lactobacillus reuteri DSM 17938 (Biogaia protectis baby 5 gtts /jour)
  • Certaines plantes médicinales réduisent la population de ces bactéries
    • L’Allicine (extrait d’ail)
    • Le Propolis
    • L’huile essentielle d’Origan
  • Certains polyphénols comme les pépins de raisins, l’écorce de pin (picogenol). L’Atrantil est une combinaison de polyphénols favorable contre les flores méthanogènes.
  • Certains laxatifs comme l’oxyde de magnésium ou le lactulose

En conclusion

L’analyse du microbiote par séquençage de l’ADN bactérien devient progressivement un outil performant pour faire le point sur son microbiote. Il est difficile de comparer le microbiote entre deux personnes, puisque souvent nous n’avons qu’environ 10 % de gênes bactériens identiques d’une personne à l’autre. Toutefois, nous avons vu qu’il existe certains constats qui nous amènent des informations utiles pour évaluer la santé de notre microbiote. De plus, notre microbiote réagit et se modifie selon notre environnement, surtout notre alimentation. Dès lors, ces tests permettent de suivre l’évolution de son microbiote, suite à des modifications de son alimentation ou d’autres facteurs environnementaux. Dans les pays anglo-saxons, de plus en plus de nutritionnistes ou de médecins formés en médecine nutritionnelle, utilisent ce type de bilan avec leur patient. Tout n’est pas encore parfait. Il manque encore du recul pour confirmer de façon indéniable la fiabilité de ces informations. Toutefois, la science avance rapidement dans ce domaine et les études se multiplient nous permettant de comprendre chaque jour de mieux en mieux notre microbiote et son impact sur notre santé. Un autre problème reste le coût de ces bilans qui sont relativement chers et pas toujours facilement accessibles. De plus, chaque laboratoire analyse de façon un peu différente le microbiote et les prestations ne sont pas toujours identiques. En dernier lieu, il faut trouver un thérapeute ou un médecin qui s’intéresse à ces bilans, qui est capable de les interpréter et de proposer des stratégies adaptées. L’intérêt de cet article c’est d’offrir un maximum d’informations pour les thérapeutes et les personnes intéressées afin qu’elles puissent commencer à marcher sur ce chemin prometteur.

Dr. A. D’Oro

Références :

  1. Schnupf “Modulation of the gut microbiota to improve innate resistance” CurrOpin Immunol 2018 Sep 8;54:137-144
  2. Christensen “Microbial enterotypes in personalized nutrition obesity management” Am J ClinNutr. 2018 Oct 1;108:645-651
  3. Castaner O “The gut microbioma profile in obesity: a systematic review” Int J Endocrinol. 2018 Mar 22,2018:4095789
  4. Grochowska M “The gut microbiota in neuropsychiatric disorders” Acta NeurobiolExp2018;78:69-81
  5. Inserra A. “The microbiota-Inflammasome Hypothesis of major depression” Bioessays 2018 Sep;40(9)
  6. Schondelmyer K “Ancient Thali Diet: Gut microbiota, immunity and health” Yale J Biol Med 2018 Jun 28;91(2):177-184
  7. Kriss M “Low diversity gut microbiota dysbiosis:drivers, functional implications and recovery” CurrOpinMicrobiol 2018 Aug:44:34-40
  8. Koliada A “Association between body mass index and Firmicutes/Bacteroidetes ratio in an adult Ukrenian population” BMC Microbiol 2017 22;17(1):120
  9. Mbakwa CA “Gut microbiota and body weight in school-aged children: THE KOALA Birth cohort study” Obesity 2018 Oct 8
  10. Huang EY « The role of diet in triggering human inflammatory disorders in the modern age » Microbes Infect. 2013 Nov;15(12):765-74
  11. Gasperz R “The role of anxious distress in immune dysregulation in patients with major depressive disorder” Transl Psychiatry 2017 Dec 8;7(12):1268
  12. Fields CT “Effects of gut-derived endotoxin on anxiety-like and repetitive behaviors in male and female mice” Biol Sex Differ 2018 Jan 19;9(1):7
  13. Mello BSF “Sex influences in behavior and brain inflammatory and oxidative alterations in mice submitted to lipopolysaccharide-induced inflammatory model of depression” J Neurolimmunol 2018 Jul 15;320;133-142
  14. Hidalgo_Cantabrana « Bifidobacteria and their health-promoting effects” MicrobiolSpectr. 2017 Jun:5(3)
  15. Mu Q “Role of Lactobacillus reuteri in human health and diseases” Front Microbiol 2018 Apr 19,9:757
  16. Hill D “The Lactobacillus caseigroup:History and health related applications” Front Microbiol 2018 Sep 10;9:2017
  17. Ohashi “Consumption of partiallyhydrolysed guar gum stimulates Bifidobacteria and butyrate-producing bacteria in the human large intestine”Benef Microbes. 2015;6(4):451-5.
  18. Al-Ghazzevi FH “Efficacy of cellulase and mannanase hydrolysates of konjac glucomannan to promote the growth of lactic acid bacteria” J Sci Food Agric. 2012 Aug 30;92(11):2394-6.
  19. Dao Mc “Akkermansia muciniphila and improved metabolic health during a dietary intervention in obesity:relationship with gut microbiome richness and ecology» Gut 2016 ;65(3) :426- 36”
  20. DerrienM « Akkermansiamuciniphila and its role in regulating host functions » MicrobPathog. 2017 May ;106 :171-181
  21. Anonye« Commentary:Dietary Polyphenols Promote Growth of the Gut Bacterium Akkermansiamuciniphila and Attenuate High-Fat Diet-Induced Metabolic Syndrome. » Front Pharmacol. 2017 Jun 30 ;8 :387
  22. Sitkin“ Clinical Potential of anti-inflammatory effects of Faecalibacteriumprausnitzii and butyrate in inflammatory bowel disease” Inflamm Bowel Dis: 2018 Aug 6
  23. Hippala K “The Potential of gut commensals in reinforcing intestinal barrier function and alleviating inflammation” Nutrients 2018 Jul 29;10(8)
  24. Zhou L“Faecalibacteriumprausnitzii Produces Butyrate to Maintain Th17/Treg Balance and to Ameliorate Colorectal Colitis by Inhibiting Histone Deacetylase 1” Inflamm Bowel Dis.2018 May 23
  25. Yu LC “Impact of microbiota in colorectal carcinogenesis: lessons from experimental models” Intest Res. 2018 Jul;16(3). 346-357
  26. Knoll RL” Gut microbiota differs between children with Inflammatory Bowel Disease and healthy siblings in taxonomic and functional composition: a metagenomic analysis” Am J PhysiolGastrointest. Liver physiol. 2017 Apr 1;312(4)
  27. Khan KN “Escherichia coli contamination of menstrual blood and effect of bacterial endotoxin on endometriosis” 2010 Dec;94(7):2860-3.e1-3.
  28. Silava JPB “Protective mechanisms of butyrate on inflammatory bowel disease” Curr Pharm Des. 2018 Oct 1
  29. Park CH “Intestinal microbiota, chronic inflammation and colorectal cancer” Intest Res. 2018 Jul;16(3):338-345
  30. Wu X “ Effects of the intestinal microbial metabolite butyrate on the development of colorectal cancer” J Cancer, 2018 Jun 15;9(14):2510-2517
  31. Halmos EP “Diets that differ in their FODMAP content alter the colonic luminal microenvironment” Gut 2015 Jan;64:93-100
  32. Barton LL “Sulfur cycling and the intestinal microbiome” Dig Dis Sci 2017 Sep;62(9):2241-2257
  33. Jjennagger “Sulfide as a mucus barrier-breaker in inflammatory bowel disease” Trend Mol Med 2016 Mar;190-199
  34. Ghoshal U” Irritable Bowel Syndrome, Particularly the Constipation-Predominant Form, Involves an Increase in Methanobrevibacter smithii, Which Is Associated with Higher Methane Production” Gut Liver.2016 Nov 15;10(6):932-938.
  35. Mbakwa CA “Gut colonization with Methanobrevibacter smithii is associated with childhood weight development “ Obesity 2015 Dec;23(12):2508-16
  36. Mathur “Obesity and the microbiome” Expert Rev Gastroenterol Hepatol2015;9:1087-99
  37. Mathur R “Metabolic effects of eradicating breath methane using antibiotics in prediabetic subject with obesity” Obesity 2016 Mar;24(3):576-82

 

Dr. A. D'Oro

Dr. A. D'Oro

Consultations en Micronutrition et Alimentation Santé, site: http://www.plomed.ch, Email: secretairedoro@gmail.com,Tel: +41.22.301.63.38, 

  45 comments for “L’analyse du microbiote, un atout pour restaurer son écosystème intestinal

  1. Avatar
    christa domergue
    5 janvier 2019 at 11 h 40 min

    Bonjour, j’ai vécu subitement une période de diarrhées avec de terribles maux de ventre pendant 8 mois avec perte de poids et de moral. J’ai fait une fibroscopie et une coloscopie où on a juste détecté un dolichocôlon spastique de progression difficile…J’ai donc été étiquetée SII (syndrome de l’intestin irritable). Les antispasmodiques me calmaient temporairement mais rien n’y faisait, les maux de ventre persistaient. Je me suis tournée vers les solutions plus naturelles, régime FODMAP, yoga, relaxation, cohérence cardiaque, EFT tapping, massages du ventre avec de l’huile essentielle de basilic exotique (génial pour calmer les spasmes)… légères améliorations et puis un jour je me suis lancée dans les boissons à base de kéfir d’eau et les préparations à base de kéfir de lait et en trois mois tout est rentré dans l’ordre. Alors ma question : que pensez vous du kéfir d’eau et de kéfir de lait à préparer à base de graines de kéfir (que l’on peut trouver gratuitement dans des échanges sur le net)? Merci de votre réponse

    • Dr. A. D'Oro
      7 janvier 2019 at 13 h 25 min

      Bonjour,

      Le kéfir fait partie des aliments fermentés qui ont des effets positifs sur notre microbiote,
      toutefois sans pouvoir modifier au long cours l’écosystème intestinal, bien qu’il existe une stimulation
      par le kéfir de la croissance des bifidobactéries.
      Votre diarrhée était vraisemblablement en relation avec un appauvrissement de votre microbiote laissant la porte d’entrée à des opportunistes. Les produits lacto-fermentés mais surtout les prébiotiques permettent à la longue d’améliorer le microbiote avec disparition des symptômes. Votre exemple est interessant car il montre qu’il est dès fois plus efficace de stimuler
      nos bonnes bactéries plutôt que de s’acharner à combattre des bactéries pathogènes.

      Sincèrement

      Dr A. D’oro

  2. Avatar
    Joanna Dupin
    11 janvier 2019 at 22 h 06 min

    Bonjour,
    Où est-il possible en France de faire les analyses du microbiote par séquençage de l’ADN bactérien???
    Après une typhoïde, et une amibiase qui a été détectée 14 ans plus tard (voyage au Mali) trouvée par des analyses moléculaires, invisible dans le sang et les selles. Prise d’antibiotique durant 2 ans quotidiennement à l’adolescence, sans prise de probiotique. Je maigris et ai souvent des humeurs variables……. Merci pour votre article

    • Dr. A. D'Oro
      18 janvier 2019 at 23 h 04 min

      Bonjour,

      Probablement le bilan le plus complet est fait par le laboratoire Genova (GI Effects stool profiles).
      U-biome est un labo américain qui fait des tests de qualité mais pas accessible en france.
      Il y a le laboratoire LIMS Mb next en Belgique qui fait des bilans de microbiote facilement accessible,
      en faite il y a de plus en plus de labo qui se lancent dans l’analyse du microbiote et il est encore difficile de faire
      le tri de qualité

      Sincèrement
      Dr A. D’oro

      • Avatar
        ALINE K.
        23 septembre 2019 at 23 h 02 min

        Bonjour Docteur D’ORO.
        Ma naturopathe m’a donné l’adresse d’un Laboratoire Francais
        LUXIA SCIENTIFIC. Première société française à proposer un test metagenomique du microbiote intestinale.
        Connaissez vous ce laboratoire ?
        Merci d’avance

        • Dr. A. D'Oro
          24 septembre 2019 at 10 h 11 min

          oui, j’en ai entendu parler mais j’ai encore pas essayé.
          C’est une boite récente, pour l’instant je préfère les labo qui ont de nombreuses années d’expériences
          avec des bases de données importantes, ce qui permet des meilleures comparaisons.
          Mais pourquoi essayer

          Sincèrement
          Dr A. D’oro

    • Avatar
      8 avril 2019 at 21 h 05 min

      Bonsoir,

      le seul laboratoire français à faire ces analyses est luxia scientific: http://www.luxia-scientific.com.

      Alessandra

      • Dr. A. D'Oro
        13 avril 2019 at 10 h 01 min

        Bonne nouvelle,

        je vais me renseigner sur les analyses de ce laboratoire

        Sincèrement
        Dr A. D’oro

        • Avatar
          Nicole
          7 mai 2019 at 9 h 09 min

          Que pensez-vous de la fiabilité des analyses de selles effet tuées par le laboratoire français BARBIER ?
          Je vous adresse mes remerciements pour votre réponse.

          • Dr. A. D'Oro
            12 mai 2019 at 18 h 52 min

            Bonjour,

            Laboratoire connu pour sa qualité, après il faut savoir si le test demandé est correct.

            Sincèrement
            Dr A. D’oro

  3. Avatar
    Nathalie Pertoso
    12 janvier 2019 at 14 h 26 min

    Bonjour docteur,
    Mon fils âgé de 22 ans a absolument besoin d’aide pour comprendre pourquoi quand il mange du pain, des pâtes (gluten), des laitages, aliments contenants des conservants a des symptômes tels que perte de cheveux, dépression, agressivité, toux, peau du visage qui devient blanche et sèche, insomnies.. c’est horrible. L’éviction le soulage mais ce n’est pas suffisant.
    Aujourd’hui, il pèse 68 kg pour 1m92 et est déprimé.
    Nous ne savons plus quoi faire, qui voir, quelles analyses faire.
    Pouvez vous nous aider ?
    Connaissez-vous un médecin vers Nantes? Nous sommes prêts à nous délacer.
    Il est ok pour devenir un patient clinique.

    Cordialement,

    • Dr. A. D'Oro
      18 janvier 2019 at 23 h 14 min

      Bonjour,

      Je pense qu’il est indiqué de faire une évaluation nutritionnelle assez complète
      pour évaluer des carences nutritionnelles, faire un test respiratoire au lactulose
      afin de rechercher un SIBO, rechercher des pathogènes intestinaux (candidose, parasites etc.)
      des marqueurs de la perméabilité intestinale et des intolérances alimentaires.
      On peut bien entendu faire une analyse du microbiote.

      Je pourrais le voir une fois mais à ce moment là, il est préférable de faire les bilans avant
      dans un laboratoire spécialisé en France. Vous pouvez envoyer un email à ma secrétaire
      pour que je vous organise un bilan nutritionnelle et intestinal (secretairedoro@gmail.com).

      Sincèrement

      Dr A. D’oro

      • Avatar
        Elodie
        26 novembre 2019 at 14 h 02 min

        Bonjour, je vous envoie ce message avec un peu de détresse, ne sachant par vers qui me tourner… La plupart des médecins la ou je vis ( île de la réunion) , en fait tous les médecins que j’ai vu ne sont pas au courant du SIBO, je présente des symptômes qui sont alternance fausse diarhee/ constipation, fourmillement dans les mains et pied, fatigue et tête dans le brouillard, nausée, perte d’appétit et de poid, douleur en haut du nombril, brulures parfois.. et ça depuis de nombreux mois, je ne sais pas quel examens pratiquer, j’ai vu que le test sibo est a plus de 300 euros sur un site en Australie avec test au fructose et lactulose, j’ai fais il ya deux ans de ça trois opérations sur deux mois (appendicite, abcès sur opèration d’appendicite et péritonite) avec du coup de nombreuse ouvertures et certainement de nombreuses adhérences… Je vois un ethiologue samedi en rendez vous, j’aimerais faire également le test pour la flore mais je suppose qu’il va falloir que je vienne en France où en Belgique pour les pratiquer… Quel examens me conseillez vous selon mon cas ? ( Coloscopie/ fibroscopie et prise de sang ras, mis à part un taux faible de vitamine D) merci de votre réponse…

        • Dr. A. D'Oro
          4 décembre 2019 at 21 h 48 min

          Bonjour,

          Je comprend que votre situation est difficile et je suis désolé pour vous d’apprendre
          votre détresse. Il est clair que vous avez des problèmes digestifs possiblement liés à un SIBO,
          après cela n’exclut pas d’autres diagnostics (candidose, parasites etc.).
          Des antécédents d’opérations abdominales font suspecter un problème d’adhérences qui pourraient entrainer
          un SIBO. Il faudrait trouver quelqu’un qui puisse faire des massages profonds de l’abdomen et qui sache traiter
          ce type de problème.
          Idéalement, un test respiratoire au lactulose pourrait déjà suffire pour confirmer un SIBO, un test au fructose
          ou au glucose seraient des alternatives seulement si le test au SIBO est négatif.
          Si l’accès au test est difficile, on pourrait essayer un traitement empirique avec une diète FODMAP et des traitements anti-microbiens tels que ceux proposés dans les articles sur le SIBO et sa prise en charge.
          Maintenant, il est également possible que vous ayez un SIBO à l’hydrogène sulfureux et dans ce cas la diète FODMAP ne va pas aider. En effet, le ce qui me fait penser à cela c’est la présence de fourmillements dans les extrémités, de brain fog et de sensations de brûlures abdominales. MAlheureusement, il n’y a pas de test respiratoire fiable en Europe pour doser le H2S, seul une diète ciblée avec des produits ciblés sur 2 semaines pourrait éventuellement confirmer cette hypothèse.

          Je sais que tous cela ne va pas forcément vous aider mais cela peut vous donner des idées pour la suite.

          Sincèrement
          Dr A. D’oro

  4. Avatar
    Martine Chevalier
    13 janvier 2019 at 12 h 47 min

    Bonjour,
    Je réside près de Lyon, en France, savez-vous où je pourrais faire cet examen. J’ai depuis bien longtemps des soucis avec mes intestins. J’ai eu une candidose qui est normalement guérie mais j’ai quand même très souvent des problèmes intestinaux (maux de ventre, flatulences …)
    Merci pour cet article que j’aurai aimé partager mais apparemment, je ne le peux pas.

    • Dr. A. D'Oro
      18 janvier 2019 at 23 h 24 min

      Bonjour

      Vous pouvez prendre un laboratoire local comme Lims Mb next qui fait des analyses du microbiote
      ou des labos américains dont le plus connu est Genova.
      Il y a de plus en plus de labo sérieux qui se lancent dans les analyses du microbiote, vous fournissant
      des analyses et des propositions alimentaires, je pense toutefois que c’est mieux si un médecin ou thérapeuthe
      formé puisse vous aiguiller.

  5. Avatar
    Aline
    17 janvier 2019 at 20 h 33 min

    Bonjour,
    Suite à un stress chronique, j’ai une dysbiose que j’essaie de faire disparaître. J’ai entre autres une constipation chronique importante. J’ai déjà essayé de nombreux probiotiques qui me constipent encore plus.Ne pouvant pas effectuer de test respiratoire pour le SIBO car cela n’existe pas aux Antilles, comment puis je apprécier les gaz produits par les bactéries sans faire le test. Merci pour vos courriers qui sont très enrichissants.
    Merci pour votre réponse
    Bien cordialement

    • Dr. A. D'Oro
      18 janvier 2019 at 23 h 35 min

      Bonjour

      Réponse pas facile, la constipation pourrait venir
      d’une flore dite méthanogène. Vous pouvez essayer un traitement naturel comme l’Atrantil selon les dosages donnés dans l’article sur le ttt du SIBO ou des traitements combinants plusieurs plantes antimicrobiennes ( GI MIcrobX, Biocidin de bio Botanical research, Tricycline de allergy research etc.), cela pendant un mois à 6 semaines.

      Pour la constipation:
      Essayer l’oxyde de magnésium ou le sulfate de magnésium au couché, à dose progressive selon le besoin
      de 500 mg jusqu’à 2 gr maximum). Le Triphala est une combinaison de plantes ayurvédique qui marche assez bien dans les constipations chroniques. Comme probiotiques, essayez le Biogaia protectis un probiotique liquide utilisé dans les coliques du nourrissons mais qui marche bien dans les SIBO méthane prédominant ou dans la constipation chronique (2x 5gtts par jour).

      Sincèrement

      Dr A. D’oro

  6. Avatar
    MAGNIANT
    24 janvier 2019 at 15 h 42 min

    Bonjour
    je suis suivie pour une maladie cœliaque (détectée à 70 ans, il y a 3 ans) dans un grand hôpital parisien spécialisé pour cette maladie ; le régime sans gluten a stoppé les diarrhées mais des douleurs violentes persistent et ne sont pas prises en charge, on me répond : c’est votre microbiote ! De gastros en gastros aucun soulagement. J’ai un dolichocolon, beaucoup d’air qui remonte par le haut, je faire faire souhaiterais une analyse de mon microbiote, quels laboratoires fiables conseillés-vous à Paris.
    Vos articles nous permettent d’accéder à une information de qualité, soyez-en vivement remerciés par ces malades oubliés.
    Josiane Magniant

    • Dr. A. D'Oro
      28 janvier 2019 at 21 h 17 min

      Merci pour votre témoignage,
      L’arrêt du gluten ne suffit quelques fois pas car la muqueuse à souffert,
      d’autres intolérances secondaires ont pu se développer ainsi que des fermentations intestinales
      favorisées par l’intolérance au gluten.
      Il est quelquefois nécessaire de traiter un leaky gut souvent associé, exclure d’autres sensibilités alimentaires
      ou intolérances (lactose, fructose).

      Sincèrement

      Dr A. D’oro

  7. Avatar
    DUMITRESCU
    8 mai 2019 at 22 h 05 min

    Merci pour votre réponse.

  8. Avatar
    Aline
    12 mai 2019 at 19 h 16 min

    Bonjour Dr D’Oro,

    J’ ai une constipation chronique importante due à une sécheresse des muqueuses (Goujerot) et à un manque de mouvement intestinal. Mon médecin m’a prescrit du Duphalac, je dois prendre 2×10 ml pour avoir des selles quotidiennes mais cela me donne des ballonnements et cela perturbe mon sommeil. Le triphala est-il compatible avec la sécheresse des muqueuses ? J ‘ai essayé la prise de Biogaia 5 gtt par jour pendant 1 mois, cela avait de beaucoup amélioré mes douleurs intestinales. Pensez vous que je peux doubler la dose, sachant que les probiotiques ont tendance à me constiper encore plus? (Probiotiques testés avec plusieurs souches et de 10 milliards au moins)
    Merci par avance
    Cordialement

    • Dr. A. D'Oro
      20 mai 2019 at 21 h 29 min

      Bonjour,

      Pour le Duphalac, essayer de réduire le dosage de moitié, c’est un laxatif intéressant pour son effet prébiotic.
      PAs de problème avec le Triphala qui peut être associé à de l’Aloe vera (pulpe).
      Avec le Biogaia vous pouvez essayer d’associer un autre probiotique, je pense à NOW Clinical GI Probiotic.
      Ce probiotique possède la souche Bifidobacterium Lactis HN09 qui a un effet stimulant sur la motricité intestinale.

      • Avatar
        C
        21 mai 2019 at 2 h 47 min

        Je vous remercie beaucoup Docteur pour tous ces renseignements et pour vos articles riche en informations

  9. Avatar
    Claire HONNAY
    16 mai 2019 at 14 h 56 min

    bonjour,
    une diverticulose est-elle réversible. L’adaptation de l’alimentation est-elle suffisante ?
    Merci

    • Dr. A. D'Oro
      1 juin 2019 at 10 h 40 min

      Il faut globalement améliorer son microbiote ce qui va réduire le développement
      de bactéries pathogènes et éviter les surinfections et aussi avoir un bon transit
      en évitant la constipation.

  10. Avatar
    Steven meysman
    18 mai 2019 at 14 h 03 min

    Bonjour
    Je voudrais savoir combien coûte un consultation à votre cabinet et comment prendre rdv
    Merci

    • Dr. A. D'Oro
      1 juin 2019 at 10 h 42 min

      Bonjour
      Vous pouvez prendre RDV en écrivant à secretairedoro@gmail.com
      la consultation d’une heure est de 160 euro puis 80 euro les consultations de suivi.

      Sincèrement

      Dr A. D’oro

  11. Avatar
    jeanne
    13 juin 2019 at 12 h 23 min

    Bonjour, merci pour ce partage de vos précieuses recherches.
    Sujette aux troubles digestifs depuis toujours (maladie coeliaque, intolérance au lait, dolichocolon), je découvre dans mon parcours de soins alternatifs, que mes ulcères à l’estomac et un état inflammatoire général, viendraient du foie, en lien avec des troubles hormonaux. Le sang est épaissi, et j’ai la sensation de m’empoisonner de l’intérieur.
    Faites-vous un lien dans vos recherches entre le foie et le protocole pour restaurer le microbiote ? Merci de votre attention.

    • Dr. A. D'Oro
      13 juin 2019 at 21 h 51 min

      Bonjour,

      Effectivement, pendant longtemps, les naturopathes traditionnels se concentraient sur l’intoxication et la détoxification
      dont le foie est un la pièce maitresse. Avec les nouvelles connaissances sur le microbiote et l’intestin,
      on tend à oublier cet aspect important surtout dans un monde pollué de multiples façons.
      Effectivement, j’en parle pas beaucoup mais le drainage du foie et des divers émonctoires sont importants.

      Sincèrement

      Dr A. D’oro

  12. Avatar
    jeanne
    13 juin 2019 at 22 h 02 min

    Merci
    J’imagine aussi que la porosité de l’intestin qui laisse passer ce qu’il ne faut pas laisser passer, donne beaucoup de travail au foie qui peut s’en retrouver épuisé.
    Merci encore

  13. Avatar
    Emma
    15 juin 2019 at 8 h 43 min

    Bonjour Dr d’Oro,
    J’ai des soucis de constipation chronique depuis un certain nombre d’annees, a cela s’ajoute du surpoids sans pour autant être dans la malbouffe ,problèmes veineux et autres… comment palier efficacement et durablement à tous ces problèmes? Mon médecin général suit le protocole médicamenteux mais je pense en effet subir un vrai déséquilibre de mon microbiote intestinal. Seconde question: ou puis je me procurer votre livre Maigrir? Bien à vous et merci par avance pour vos précieux conseils.

    • Dr. A. D'Oro
      25 juin 2019 at 20 h 31 min

      Bonjour

      Il est probable que vous souffriez d’une dysbiose importante, il faut déjà commencer à mettre en application des recommandations proposées dans l’article microbiote partie 2.
      Par la suite il peut être nécessaire de faire des analyses de votre flore intestinale.
      Sincèrement

      Dr A. D’oro

  14. Avatar
    rom
    20 juin 2019 at 15 h 35 min

    bonjour
    j’ai fait une analyse du microbionte et selon le rendu: manque cruel d’E coli, Enterococcus, flore acidifiante + pH de 6.9 du à un excès de protéines et gras (pas d’analyse par PCR, pas de mention des souches à H2S mentionnées dans l’article)
    supplémentation en probiotiques acidifiants + coli + enteroccocus.
    cela signifie dysbiose en H2S?
    j’etais sous acide alpha lipoique et alcarecup + regime fodmap + viande 1 à 2/jrs + bonne dose omega 3 à chaque repas
    SAMe non supporté, Mg-Taurine-B6 non supporté
    Gros ballonnements de pire en pire chaque jour, crampes, gaz: je ne sais si on est sur du methane ou H2S…essayer atrantil + prosymbioflor peut aggraver les choses?
    je n’ai pu avoir qu’un rdv que courant octobre avec vous pour en parler…
    merci pour vos conseils

    • Dr. A. D'Oro
      25 juin 2019 at 21 h 14 min

      Les souches plus connues pour l’H2S sont le désulfovibrio et le bilophila dans le groupe des protéobactéries.
      Est-ce que dans votre analyse ce groupe est évalué?

      L’atrantil peut être un bon choix, à essayer. Je rajouterais la souche de lactobacillus plantarum 299v (smebiocta) qui peut réduire les bactéries H2S.
      Après, il est important d’améliorer la voie de détoxification des sulfures avec du molybdène et de la vitamine B12 (méthylation)

      Sincèrement

      Dr A. D’oro

  15. Avatar
    Gina
    26 juin 2019 at 7 h 42 min

    Bonjour Dr oro et merci pour vos réponses et le tps que vous nous accordez
    voilà suite a des reflux acide dans le ventre et la gorge en 2017 on m’a diagnostiqué un sibo au méthyle acétate a 21.5 avant lactulose et 19 après lactulose et une candidose on m’a donné 2 pots de champignons shiakite hericium et origan cannelle.
    j’ai fait un régime sans gluten et lactose plus jus de légumes fruits frais ainsi que des jeun du sauna et mes reflux on quasiment disparu après avoir enrayé un gros stress du a une séparation j’ai pu reprendre une vie normale oubliant se passage de sibo jai recommencer a remanger pas très sainement du gluten de la junk food et puis en mai 2019 j’ai recommencé à ressentir de la fatigue du stress chronique important lié au travail pas assez de sommeil fatigué dépression déprime etc… J ai commencé a m appercevoir que je digerai mal et que j’étais constipé.. a ce jour je suis constipé chronique j’ai des rot des gaz et des ballonnements en permanence des crampes douleurs qd je mange.
    mon sommeil et très perturbé j’ai beaucoup maigri car je ne digère plus mes aliments j’ai l’impression que qd je mange des protéines animales ça me reste sur le ventre j’ai fait les test au bicarbonate et je n’ai jamais eu de rot.. je ne fait plus que 1 repas par jour ( j’ai peur de manger) j’ai parfois du brouillard mental des mal de tête le nez qui coule et j’ai du mal a me concentrer j’ai aussi une énorme perte de cheveux… J ai rendez vous mi j uillet avec Mme d Oro, mais je voulais savoir si je ne devais pas vous consultez avant et la consulter après pour mettre en place une alimentation avec elle car je ne sais pas par ou commencer quoi manger etc.je suis perdue. . Je suis de paris mon médecin ma fait faire une prise de sang complète carence en vitamine, thyroïde etc … quels test avez vous besoin avant de venir en suisse vous voir et qu’est que je peux prendre en attendant comme anti microbien probiotiques, ou choses naturel pour ma constipation chronique je suis obligé de prendre des laxatifs pour aller a la selle sinon je n’y vais plus naturellement. je vous remercie pour votre aide en attendant de vous voir.cordialement gina

    • Dr. A. D'Oro
      3 juillet 2019 at 22 h 14 min

      Bonjour
      Je crois avoir déjà partiellement répondu à un de vos mails.
      Ma femme pourra vous aider pour mettre de l’ordre dans votre diète, vos émotions et votre stress.
      Faites un examen des métabolites organiques urinaires et des sérologies pour la candidose à Paris
      ou un laboratoire belge comme Lims Mbnext ou RPlab.
      A genève vous pourriez faire un test respiratoire au lactulose avec un appareil professionnel,
      il faudrait l’organiser quand vous venez à GEnève, il y a une feuille de préparation pour le jour d’avant.
      Ma secrétaire peut vous aider à l’organiser (secretairedoro@gmail.com).

      Sincèrement

      Dr A. D’oro

      • Avatar
        Gina
        3 juillet 2019 at 22 h 22 min

        Bonjour Dr doro merci pour votre réponse et d’avoir pris de votre tps encore Je vais a Genève rencontrer Mme Doro le 17 juillet a 11h je voudrais bien que votre secrétaire
        s organisee
        pour me refaire le test au lactulose faut il que je rappelle le secrétariat de Mme Doro pour voir comment peut on s organiser ? en vous remerciant par avance cordialement gina

  16. Avatar
    HELENE BARTISSOL
    25 juillet 2019 at 10 h 38 min

    Monsieur bonjour , je vous remercie de la clarté de vos articles ,je souhaite faire une analyse de mon microbiote car après avoir lu tous les commentaires et réponse de votre part il me semble que c’est la première étape à effectuer pour clarifier les raisons de residivent fréquentes d’infections urinaire .
    J’ai par chance rencontrer monsieur Donatini lors d’un stage d’ostéopathie qui m’a permis une amélioration et une diminution considérable de prise d’antibiotiques en modifiant mon régime alimentaire et des prises de champignons (après prise de mes gaz ) .
    Cependant je continue à avoir des crises ou eschereccia coli reste encore présent et agressif……
    Je pense q’une consultation est nécessaire à votre cabinet pour autant que dois je préciser au laboratoire bruxellois pour l’analyse de mon biote , bien cordialement h bartissol

    • Dr. A. D'Oro
      25 juillet 2019 at 22 h 27 min

      Bonsoir,
      L’analyse du microbiote peut effectivement donner des informations utiles.
      Comme je l’indique dans l’article, la croissance de l’escherichia coli peut être inhibée par un milieu acide du colon. Il faut savoir que le ph du colon est déterminé par la production de acides gras à chaine courte comme le butyrate, cela gràce à la consommation de prébiotiques et de fibres.
      Vous pouvez commencer par prendre des prébiotiques bien tolérés comme la fibre d’Acacias (Prebiosoft de chez Nutrixeal, 5 à 10 gr par jour). Le lactulose qui est un laxatif connu a des effets prébiotiques et intéressant pour améliorer le PH (par exemple 5 à 10 ml par jour). Manger suffisamment de fibres .
      Une fois votre bilan deu microbiote fait, tenez moi au courant.

      Sincèrement

      Dr A. D’oro

  17. Avatar
    PERRIN
    5 octobre 2019 at 20 h 39 min

    Bonjour, et merci pour vos articles. J’ai un dolichocolon, je vais prendre rdv avec vous. En attendant, on m’ a conseillé du psyllium et de l’aloe vera , sont ils conseillés? Des pré et/ou probiotiques?
    Bonne journée
    Sylvie

    • Dr. A. D'Oro
      9 octobre 2019 at 21 h 10 min

      Bonjour

      Dolichocolon est un terme qui veux pas dire grand chose, on suppute que parce que vous avez un colon
      plus loin cela explique des symptômes digestives, ce qui est loin d’être prouvé.

      Psyllium et aloe vera peuvent être une stratégie lors de constipation mais souvent c’est plus complexe que ça.

      Sincèrement
      Dr A. D’oro

  18. Avatar
    Raymond WACHTER
    27 octobre 2019 at 18 h 02 min

    bonjour docteur
    Au cours d’une endoscopie j’ai été diagnostiqué d’une candidose de l’oesophage
    Que faut il prendre en remède naturel le médecin veut me donner du triflucan mais trop effets secondaires nocifs

    Merci de votre avis
    Cordialement

    • Dr. A. D'Oro
      14 novembre 2019 at 22 h 39 min

      Bonsoir,

      J’opterais pour un traitement de mycostatine qui est souvent bien toléré.

      Sincèrement

      Dr A. D’oro

Laisser un commentaire

Votre adresse de messagerie ne sera pas publiée. Les champs obligatoires sont indiqués avec *

Ce site utilise Akismet pour réduire les indésirables. En savoir plus sur comment les données de vos commentaires sont utilisées.